蛋白质序列的溶剂可及性基本内容_wangliang_f

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蛋白质序列的溶剂可及性基本内容

(2015-02-05 17:09:19)

标签：

房产

分类： dna搜索研究

蛋白质的溶剂可及性(solvent accessibility)主要描述蛋白质的分子是暴露在外，还是隐藏在内的，具体如下图所示：

http://s15/mw690/0017vqrvzy6PK2E52XA8e&690

每个分子与水的接触面积就可认为是溶剂可及性面积，具体是按照水分子圆心划过的表面计算的。如果和水分子接触面积较大，则认为是暴露的(exposed), 如图中1，2，4和10，11，12这几个分子就暴露在水中，否则是埋藏(buried)。

从蛋白质的pdb文件中可以直接读出蛋白质序列中每个分子的溶剂可及性面积(ACC),具体如：

http://s2/mw690/0017vqrvgy6PK3du8mJ21&690

（来自http://www.csb.yale.edu/poststructure/dssp/dssp.html）

溶剂可及性的exposed或者buried区分一般按照暴露与水分子中的比例来计算，这个比值一般成为相对溶剂可及性面积(RSA, Relative Solvent Accessiblity)。就是具体的可及性面积除以蛋白质的最大总面积，不同蛋白质分子的最大总面积如下：

http://s11/mw690/0017vqrvgy6PK3ylrtMba&690

(来自http://prowl.rockefeller.edu/aainfo/volume.htm)

一般而言，RSA>5%的是exposed，RSA<=5%是buried，这个阈值也可以是16%或者25%。当然还可以取三段式的，就是取9%,36%这两个阈值。

可溶性可以从标准的蛋白质pdb文件中读取，这里利用biopython的pdb模块读取相对可及性：‘

#!/usr/bin/env python

#coding=utf-8

from Bio.PDB import *

import math

import sys

reload(sys)

sys.setdefaultencoding('utf-8')

if __name__=="__main__":

if len(sys.argv) != 2:

print "please input file name like pdb103m.ent or pdb103m.pdb"

sys.exit()

filename = sys.argv[1]

p = PDBParser()

structure = p.get_structure("pdb", filename)

for model in structure:

dssp = DSSP(model, filename)

for chain in model:

chain_id = chain.get_id()

acc = []

seq = []

for residue in chain:

residue_id = residue.get_id()

try:

relative_acc = dssp[(chain_id, residue_id)][3]

if "NA" != relative_acc :

acc.append(str( round(relative_acc,2) ))

seq.append(Polypeptide.three_to_one( residue.get_resname() ))

except:

#print "error",residue

continue

print ">" + (filename.split("/")[-1][3:7]).upper() + ":" +chain.get_id()

print " ".join(seq)

print " ".join(acc)

print ""

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