基因组的全系列下载最方便的就是通过NCIBI的ftp直接下载。

ftp地址为：

基因组资源 ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/

包括人、小鼠、果蝇、线虫等模式生物，以及微生物、植物等的基因组。

各种文件的说明，FTP站点 (genomes 目录) — 下载各种格式的完整的染色体序列数据，包括GenBank的flat file (*.gbk)，GenBank的概要文件(*.gbs)，FASTA核酸文件（*.fna），FASTA氨基酸文件（*.faa），蛋白表（*.ptt）





 





模式生物基因组资源，包括人、果蝇、线虫、酵母、大鼠、小鼠、斑马鱼、拟南芥菜、水稻等模式生物。一些常见的模式生物的基因组ftp下载地址





 





Arabidopsis(拟南芥)：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Arabidopsis_thaliana/





Fruit fly(果蝇) ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Drosophila_pseudoobscura/





Mouse(鼠)：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/M_musculus/





Human(人): ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/





Caenorhabditis elegans(线虫)：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Caenorhabditis_elegans/





Zebrafish（斑马鱼）：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/D_rerio/





Rice(水稻)：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Oryza_sativa/





酵母 : ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Schizosaccharomyces_pombe_OLD/





海胆：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Strongylocentrotus_purpuratus/





Xenopus(爪蟾蜍): ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Xenopus_Silurana_tropicalis/



数据下载命令，因为dna文件名一般都是fna或者fa.gz结尾的，因此可以用wget递归下载所有的数据，如

wget –r –nd –l 2 –A '*.fna', '*.fa.gz' 'ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Caenorhabditis_elegans/'

-r:表示递归

-l：level，递归的最大层数

-A，接收的文件名，多个用，号隔开

后面那个就是一个基因组的位置。