一、用BioEdit就可以进行合并

1、打开BioEdit，点击“File”->”New Alignment”;

2、“File”->”import”->”Sequence Alignment file”，将全部要合并的序列导入；
3、”File“->”Save“ or “Save as”，保存为.fas格式文件。OK！

二、利用DNAMAN软件

1、打开DNAMAN软件，载入单序列FASTA文件。

2、将载入的多序列输出为CLUSTAL格式，如图3

3、然后将CLUSTAL文件另存到桌面。

4、将上部的文件用CLUSTAL W2软件打开，如图4. 得到一个序列文件，一个树形文件。将序列文件用MEGA 软件打开。

5、然后输出成FASTA即可