支原体DNA提取的准备工作与操作步骤及注意事项!
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分类: 微生物菌种 |
百欧博伟生物:以下是支原体DNA提取的常规操作步骤(以实验室常用方法为例):
一、实验前准备
1、材料与试剂:
支原体培养物(如SP4培养基培养的支原体菌液)。
裂解缓冲液(含SDS、蛋白酶K、EDTA等)。
酚-氯仿-异戊醇(25:24:1)。
无水乙醇或异丙醇(用于DNA沉淀)。
TE缓冲液(pH 8.0)或无菌去离子水(溶解DNA)。
RNase A(可选,用于去除RNA)。
PBS缓冲液(用于洗涤菌体)。
2、仪器与耗材:
离心机、水浴锅/金属浴、微量移液器、离心管、无菌枪头等。
二、操作步骤
1、样本处理
支原体培养物:
取1-5 mL支原体培养液,12,000 ×g 离心10分钟(4),弃上清。
用1 mL PBS重悬菌体沉淀,再次离心,重复洗涤1-2次以去除培养基杂质。
临床样本(如细胞培养上清):
若样本中支原体浓度低,需先通过0.22 μm滤膜过滤去除宿主细胞,再超速离心(如15,000 ×g,30分钟)浓缩菌体。
2、细胞裂解
向菌体沉淀中加入200 μL裂解缓冲液(含1% SDS和20 mg/mL蛋白酶K),涡旋混匀。
55水浴孵育1小时(或金属浴),每隔15分钟轻柔颠倒混匀。
(可选)加入1-2 μL RNase A(终浓度100 μg/mL),37孵育30分钟去除RNA。
3、DNA纯化
方法一:酚-氯仿抽提法
向裂解液中加入等体积酚-氯仿-异戊醇(约200 μL),涡旋混匀10秒。
12,000 ×g 离心10分钟(室温),小心吸取上层水相至新离心管。
重复酚-氯仿抽提1次。
加入等体积氯仿(去除残留酚),离心后取上层水相。
方法二:试剂盒法
(如使用商品化DNA提取试剂盒,按说明书操作)
将裂解液转移至吸附柱,离心后弃废液。
用漂洗液洗涤吸附柱2次,离心去除残留乙醇。
将吸附柱置于新离心管中,加入50-100 μL TE缓冲液或无菌水,静置1分钟后离心洗脱DNA。
4、DNA沉淀与溶解
向纯化后的水相中加入1/10体积3 M醋酸钠(pH 5.2)和2.5倍体积预冷无水乙醇(或等体积异丙醇),轻柔混匀。
-20静置30分钟至过夜,或干冰速冻5分钟。
12,000 ×g 离心15分钟(4),弃上清。
用70%乙醇洗涤沉淀2次,离心后倒置晾干(避免过度干燥)。
加入50-100 μL TE缓冲液或无菌水溶解DNA,55水浴10分钟促进溶解。
三、DNA质量检测
浓度与纯度:使用测定A260/A280比值(理想值1.8-2.0)。
完整性:琼脂糖凝胶电泳(1%胶),观察是否有清晰条带(支原体基因组DNA通常为弥散条带)。
四、注意事项
避免污染:实验全程使用无菌耗材,操作台用紫外灭菌;更换枪头避免交叉污染。
轻柔操作:支原体无细胞壁,裂解时避免剧烈涡旋,防止DNA断裂。
临床样本处理:若检测细胞培养物中的支原体污染,需先去除宿主细胞DNA。
储存:DNA短期保存于4,长期保存于-20或-80。
五、常见问题
DNA得率低:可能因裂解不彻底,可延长蛋白酶K消化时间或增加起始样本量。
RNA残留:增加RNase A处理步骤。
蛋白质污染:重复酚-氯仿抽提或优化漂洗步骤。
根据实验需求选择适合的纯化方法(传统抽提法成本低但步骤繁琐;试剂盒法快速但成本较高)。
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