ChIRP实验服务（RNA纯化的染色质分离）_生物医学实验

http://blog.sina.com.cn/u/6877048106

首页博文目录关于我

个人资料

微博

加好友发纸条

写留言加关注

博客等级：
博客积分：

博客访问：
关注人气：
获赠金笔：0支
赠出金笔：0支
荣誉徽章：

正文字体大小：大中小

ChIRP实验服务（RNA纯化的染色质分离）

(2019-02-27 11:08:32)

标签：

chirp

chirp实验

莱德盟生物

实验外包

实验服务

分类： IP实验系列

广州莱德盟生物在生命科学领域专注于生物医学实验外包服务10+年，协助客户各类实验及论文润色无数，是客户您值得信赖的科研合作伙伴！

ChIRP 概述

    ChiRP(Chromatin Isolation by RNA Purification )是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白相互作用的方法。该方法是通过设计生物素或链霉亲和素探针，把目标RNA拉下来以后，与其共同作用的DNA染色体片段就会附在到磁珠上，最后通过qRT-PCR、测序、免疫印迹法和质谱分析等确定目的RNA、DNA和蛋白。

  长非编码RNA（lncRNA）是长达两百个核苷酸以上的转录本，绝大多数位于细胞核内。虽然lncRNA没有编码任何蛋白质，但它们在不同组织和发育阶段的表达依然具有特异性，这说明lncRNA具有重要的生物学意义。在测序技术的帮助下，人们已经发现了数千种lncRNA，但这些lncRNA的生物学功能依然还是个谜。众所周知，要了解一个分子的功能，应该去寻找它的搭档。2011年，斯坦福大学的Howard Chang教授开发了ChIRP技术（chromatin isolation by RNA purification），该技术可以在全基因组范围内鉴定RNA与染色质的互作，被不同领域的研究者们广泛采用。

  最近，Chang和同事对ChIRP进行了改造，发布了称为dChIRP（domain-specifi ChIRP）的新技术。据介绍，该技术可以在天然环境下剖析IncRNA不同结构域的功能。相关论文发表在Nature Biotechnology杂志上。

非编码RNA（ncRNA）往往与蛋白质协作，生成复杂的结构，并参与细胞调控。为了揭示非编码RNA-蛋白质复合体（RNP）的组成和动态，Howard Chang教授最近在ChIRP的基础上开发了质谱分析技术ChIRP-MS。这是一种RNA导向的蛋白质组学技术（RNA-directed proteomics），能够全面鉴定特定非编码RNA的结合蛋白。这一成果发表在四月二日的Cell杂志上。

ChIRP( comprehensive identification of RNA-binding proteins) ——流程图

探针设计：设计反义寡核苷酸探针，20nt 左右；
细胞培养：ChiRP实验需要的细胞数，即2×107；采用的是标准培养基；
细胞交联及收集细胞质粒；
交联后DNA的超声破碎；
生物素标记的DNA探针与RNA杂交；
ChIRP；
RNA、DNA及核酸结合蛋白提取，分析实验数据。

----------------------------

常规类：
AAV病毒包装、Westhern-blot、实时定量PCR、WB检测、细胞功能、ELISA、免疫组化、原位杂交、载体构建、慢病毒包装

特色类：
IncRNA功能研究方案、circRNA功能研究方案、microRNA功能研究方案、双萤光报告系统服务、CRISPR/cas9服务、动物实验

其它：
标书制作、博士论文辅助与指导、论文润色

https://img1.dxycdn.com/2019/0114/491/3323129193256349129-14.jpg

阅读┊ 收藏 ┊ 喜欢 ▼ ┊打印┊举报/Report

前一篇：靶基因检测(实验外包/实验服务)

后一篇：动物实验服务

新浪BLOG意见反馈留言板　欢迎批评指正