绍兴十一年四月，淮西战毕。

绍兴十一年四月下旬，三大将入朝，张俊韩世忠被授予枢密使，岳飞为枢密副使，一起被削去了兵权，留在京城上班，和自己的军队脱离，但这并不代表朝廷可以完全掌控军队。

南宋朝廷从解除三大帅兵权到完全掌控军队大体经过了三个阶段：

第一个阶段：韩家军的整合
绍兴十一年五月上旬，三大帅任枢密使和副使不足半个月，宋廷即命张俊和岳飞前往淮南东路。

韩家军第一个被整顿。就是在这个过程中，张俊和岳飞闹翻。岳飞要求辞职，不允。
在此期间，淮东总领胡纺告发韩世忠的“亲校”耿著，说耿著自“行在”临安府回楚州后，散布流言蜚语，“二枢密来楚州，必分世忠之军”，“吕祉之戒，不可不虑”，“鼓惑众听”，并且“图叛逆”，“谋还世忠掌兵柄”。结果耿著入狱，韩世忠被捕，要不是他在高宗面前苦苦求情，差点就丢了老命。（有点和岳飞案类似，耿著和张宪差不多）

第二个阶段：岳家军的整合
绍兴十一年九月八日，前军副统制王俊向朝廷告发张宪，说张宪得知岳飞罢官赋闲后，召见王俊，图谋裹胁鄂州大军前去襄阳府，以威逼朝廷将军权交还岳飞。愿意作证的还有三名统制姚政、傅选和庞荣。
　　

绍兴十一年十月十三日，秦桧派杨沂中带岳飞出庭。按宋高宗的诏旨，特设诏狱审讯岳飞。御史中丞何铸和大理卿周三畏被特命为正、副主审官，“奉圣旨，就大理寺置司根勘”。何铸不肯给岳飞定罪，秦桧遂上奏宋高宗，改命万俟卨为御史中丞，任制勘院的主审官。
　　

最后，在万俟卨主持下给岳飞定的罪名，主要有三条。

第一，淮西之役，“拥重兵”而“逗留不进”，“坐观胜负”。

第二，指斥乘舆”， 岳飞得知张俊和韩世忠等军战败后，曾说“官家又不修德”。又岳飞曾说：“我三十二岁上建节，自古少有。”此语被引申和篡改为“自言与太祖俱以三十岁为节度使”。

这两句话被定为“指斥乘舆”的弥天大罪。

第三，岳飞和岳雲分别写“谘目”给王贵和张宪，策动他们谋反，其中岳飞的“谘目”由幕僚于鹏和孙革执笔。
　　绍兴十一年十二月二十九日，万俟卨等通过秦桧，上报一个奏状，提出将岳飞处斩刑，张宪处绞刑，岳雲处徒刑，说“今奉圣旨根勘，合取旨裁断”。宋高宗当即下旨：“岳飞特赐死。张宪、岳雲并依军法施行，令杨沂中监斩，仍多差兵将防护。”
值得注意的是：古代量刑,传统都是臣下量的重等皇帝减的轻的.以示皇恩浩荡，赵构的命令却是岳飞减一等，但岳云加一等。

第三个阶段：张俊被弹劾，被迫辞职
绍兴十二年，殿中侍御史江邈出面弹奏，说张俊图谋不轨，“大男杨存中握兵于行在，小男田师中拥兵于上流。他日变生，祸不可测”，宋高宗保他“无谋反之事”，批准他退闲。
随着张俊的退隐，三大帅的军队才完全由朝廷掌控。