单纯的轻度过敏性鼻炎大多不会头痛。

但由于鼻腔距离头部较近，当过敏性鼻炎病情严重，影响鼻腔的生理功能时，鼻腔堵塞会出现呼吸障碍，引发血氧浓度降低，使大脑中枢神经缺氧，从而造成中枢性的的头痛。而且鼻腔和头部有共用的神经，鼻炎的时候也容易神经性的头痛。

如果过敏性鼻炎造成鼻甲肥大或者是鼻息肉，导致鼻腔呼吸不畅，引起大脑缺氧时，会导致头痛。

过敏性鼻炎引起头痛，也可能是因为引起了鼻窦炎的原因。因为过敏性鼻炎反复发作，反复出现打喷嚏，流清鼻涕等症状，导致鼻腔鼻窦黏膜充血水肿，窦腔内分泌物积存，从而产生鼻窦炎，导致头部疼痛不适。完善鼻内镜和鼻窦CT检查后，可以进一步诊断。