急性咽炎反复发作导致的慢性迁延性炎症，多于A组链球菌感染或肺炎支原体感染相关。

邻近组织器官慢性炎症性刺激，如慢性鼻窦炎、鼻咽部的炎症、鼻后滴漏综合征等，其炎性分泌物可经鼻咽部流质咽后壁并刺激黏膜。另外，慢性扁桃体炎、小儿腺样体肥大、龋齿及其他口腔问题亦可引起咽部的慢性炎症刺激。

咽部局部微生物的不平衡及菌群紊乱可使呼吸道内条件致病菌成为优势种群，从而引起咽部炎症。

咽喉反流、胃食管反流等可致胃内容物向上反流至咽部，致咽部黏膜反复受到胃酸刺激，从而引起咽部黏膜慢性炎症。

过敏性因素，如吸入性致敏原(花粉、尘螨、动物皮毛、真菌孢子等)、食物性过敏原等，其引起的变态反应与部分慢性咽炎有关。