过敏性鼻炎的多种表现类型都受到较强的遗传控制，是一种有多基因遗传倾向的疾病。

已发现多个基因及相关转录因子参与本病的发病过程，包括免疫球蛋白E相关候选基因、重要的转录因子、细胞因子及T细胞表面抗原等候选致病基因。

从表现遗传学的角度也可进一步揭示环境因素对过敏性鼻炎发病的影响。研究提示，近30年来生态环境的改变可通过各种遗传学机制对呼吸道粘膜免疫系统的先天免疫及获得性免疫进行调控，使得患者对变应原的易感性增加。