AFLP首先通过PCR反应扩增消化的片段，然后在高分辨率的顺序分析凝胶上电泳扩增的消化片段，然后通过不同长度的扩增片段检测多态性。
在实验中，首先将消化的片段与包含粘性末端的人工接头连接在一起。粘性末端的序列和连接的序列用作随后的PCR反应的引物结合位点。在该实验中，通过选择根据需要在末端添加1至3个选择性核苷的不同引物，可以达到选择性扩增的目的。这些选择性核苷酸可使引物选择性地识别具有特定配对序列的核酸内切酶片段并结合，从而导致特异性扩增。