两性霉素B是首次从土壤放线菌中培养出来的。它对霉菌和酵母菌最有效，例如：念珠菌、曲霉、新生隐球菌、组织胞浆菌、孢子菌和接合菌等菌株。当引入真菌时，两性霉素B渗透到真菌细胞壁并与细胞膜内的麦角固醇结合。从那里，它在膜上形成孔洞，使细胞内容物“泄漏”，导致细胞死亡。
尽管它仍然被称为抗真菌治疗的“金标准”，但由于现在有更新、毒性更小的治疗形式，它现在只被用作特定真菌和寄生虫感染的静脉治疗。此外，由于两性霉素B对肾脏有毒，因此它仅在患者对其他治疗无效的情况下必要时使用。然而，两性霉素B有许多新的变种，有些变种的副作用较小。然而，有时必须使用两性霉素B，因为其有效性和对真菌和寄生虫的低抗性/适应性。例如，在全身真菌感染的情况下，两性霉素B在其他治疗失败时是一种强有力的抗真菌疗法，这种感染在免疫功能低下的患者中更为常见。