清凉寺位于清凉山森林公园南侧，座落在风景秀丽的凤栖塬一块自然形成的土山上，始建于隨文帝时代，距今已有1400多年的历史了，这座土丘自古就被称为清凉山。自周秦汉唐以来，一直被当做风水宝地，在苍松翠柏、密林修竹中，掩映着这座古老的寺院，据说这里是西安城区最大的尼姑道场，每日晨钟暮鼓，佛音悠扬。

最高处的藏经楼背面 

据史书记载，公元581年2月，北周静帝禅让于杨坚（今陕西华阴人），杨坚建立隋朝，为隋朝开国皇帝，称隋文帝。隋开皇元年（公元581年），隋文帝杨坚诏令建清凉寺。清凉寺历史上也曾经历了多次更名，如真寂寺、崇福寺、化度寺等，到了金大定二年（公元1162年）法演法师扩建，敕封为清凉寺，清凉寺的名字就从此延用了下来。

1934年，智朗法师驻锡清凉寺，制“古清凉寺”青石门额。在解放前的这段历史长河中，虽然经历了抗日战争和解放战争，但对清凉寺的保护一直都没有停止过。1944年，国民政府长安县维修和建成了南北两院，南院是三间僧房和大雄宝殿，殿内有弥勒玉佛一尊，保留了隋代风格，现存于西安碑林博物馆。寺内目前有民国甲戌年住持僧智朗建立的“古清凉寺”石碑一通，到解放前有显良法师、普照法师、广禅法师等高人在此常住。

从1950年到1996年，由于众所周知的原因，清凉寺遭遇了空前的破坏，1971年寺院被拆毁，成了办公和办学的场所。从1998年开始，各级政府部门下大力气开始复原、维修和扩建，使这一宗教和历史文化遗迹才得以面向广大人民群众。近几年，这里在保持原有历史风貌的同时，扩展成具有人文历史、宗教文化和自然资源为一体的森林公园。

由于清凉寺是华严宗四祖清凉国师弘扬华严宗的根本道场之一，现今的清凉寺秉持古风，追随先贤弘扬华严一乘教法，每月的第一、第三个星期天传授八关斋戒，而且经常举办大悲法会、结界仪规教授、诵持华严经以及佛学讲座。

清凉山的有国民党前主席连战先生祖母沈太夫人的墓园，2015年世人赡目的两岸“破冰之旅”，连战亲临了清凉寺上香，祭拜了祖母，并为清凉寺题词留念。

1936年8月连战出生在西安，9岁之前连战的童年就是在烽火连天的西安城度过的，他与西安结下了不解的情缘。1937年，连战的祖母沈太夫人随儿子连震东（也就是连战的父亲）来到西安，四年后沈太夫人病逝，葬于清凉寺的西南侧，墓园大门横额上篆书“祖德遗芳”四个大字。

2005年4月30日，时任中国国民党主席的连战在阔别出生地61年后回到西安，故地重游，与其家人按照中国传统礼仪举办了一次隆重而简朴的祭奠祖母仪式，之后到清凉寺上香，并题词“佛法无边——清凉寺”。连战在卸任国民党主席之后还于2007年9月和2009年9月，两次携夫人连方瑀前往清凉寺墓园祭拜祖母。连战曾题词“璞真纳清凉，福地有圣泽”赠予清凉寺，并捐赠了10000元人民币，寺院也向连战赠送了一套白玉宝瓶。