多肽的溶解度主要由其极性决定。酸性多肽可以在碱性缓冲液中溶解，而碱性多肽可以溶解在酸性溶液中。含有大量疏水或极性不带电氨基酸的疏水性多肽和中性多肽应溶于少量有机溶剂如DMSO、DMF、乙酸、乙腈、甲醇，丙醇或异丙醇中，然后用水稀释。DMSO不应与蛋氨酸或游离半胱氨酸的多肽一起使用，因为它可能会氧化侧链。

在溶解多肽样品之前，先取少量，测试合成肽的溶解，并应将冻干的肽短暂离心以沉淀所有样品。您可能需要测试几种不同的溶剂，直到找到合适的溶剂。超声处理可用于增强溶解度。

具体操作步骤：

    步骤1#：为每个酸性残基（Asp [D]，Glu [E]和C-末端-COOH）指定-1的值。接下来，为每个碱性残基（Arg [R]，Lys [K]，His [H]和N-末端-NH2）指定+1值，其他氨基酸指定0的值，然后计算多肽的总电荷。

    步骤2#：如果多肽的总电荷为阳性，则多肽是碱性的。此时，尽可能尝试将多肽溶解在蒸馏水中。如果它不能溶于水，则尝试将多肽溶解在少量10-25％乙酸中。如果失败，加入TFA（10-50μl）溶解多肽，然后将其稀释至所需浓度。

    步骤3#：如果多肽的总电荷是阴性，则多肽是酸性的。酸性多肽可溶于PBS（pH 7.4）。如果失败，加入少量碱性溶剂如0.1M碳酸氢铵溶解多肽，然后加水至所需浓度。含有游离半胱氨酸的多肽应溶解在脱气的酸性缓冲液中，因为硫醇部分在pH> 7时会迅速氧化成二硫化物。

    步骤4#：如果多肽的总电荷为0，则多肽是中性的。中性多肽通常溶解在有机溶剂中。首先，尝试添加少量乙腈，甲醇或异丙醇。对于非常疏水的多肽，尝试将多肽溶解在少量DMSO中，然后用水将溶液稀释至所需浓度。对于含有半胱氨酸的多肽，使用DMF代替DMSO。对于倾向于聚集的肽，加入6 M胍，HCl或8 M尿素，然后进行必要的稀释。

为了防止或最大程度的降低降解，将多肽以冻干形式储存在-20℃，或优选-80℃。如果多肽在溶液中，应通过冷冻单个分装管来避免冻融循环。

带正电荷的残基：K，R，H和N-末端

带负电荷的残基：D，E和C-末端

疏水性不带电荷的残基：F，I，L，M，V，W和Y.

不带电荷的残基：G，A，S，T，C，N，Q，P，乙酰基和酰胺

例子：

HHDDVILTNQRRD：（+ 5）+（ - 4）= +1这是一种基本肽。见上面的第＃2。

EHDDMILNTQERR：（+ 4）+（ - 5）= -1这是一种酸性肽。见上面的步骤＃3。

SKDDLILPQNERR：（+ 4）+（ - 4）= 0这是一种中性肽。见上面的步骤＃4。