一份关于免费ADMET计算工具的超强干货,请查收

提起ADMET,相信很多研究小分子药物的人已经非常熟悉了,当你的研究对象(小分子)在大大小小的实验测试中渐入佳境(药效理想)时,就要用到“吸收-分布-代谢-排泄-毒性”(即ADMET)这块试金石了。通过ADMET筛选是能否成药一个很重要的条件。
ADMET说到底就是药物分子自身的理化性质和生物学特性,与之最相关的指标有:亲脂性、氢键、溶解度、渗透性等。这些数据都可以通过计算来得到。算伴网(scibank.net)依靠社区的力量已初步完成了对现有计算工具的评分与使用手册梳理,不光是ADMET,它涵盖生物医药计算及科研的方方面面,只需轻轻一搜,便能快速上手心仪工具。一个团队的力量是有限的,我们鼓励并呼吁大家加入算伴社区,积极贡献实用计算工具,携手打造生物医药人自己的“大众点评”。
今天为大家梳理的数十个亲测好用的最热ADMET计算工具也被收录在算伴网里。
双手奉上直达链接:scibank.net
https://www.scibank.net/public
推荐的工具涉及预测、优化、过滤等,已为大家一键整理好(scibank.net/public?fid=404),总有一款适合你!关注我,此系列已开启连载模式,每周五准时推送,绝对不鸽!
01 SwissADME
这个网站是瑞士SIB 分子建模小组开发的SwissDrugDesign
项目中的一部分,用来预测设计好的化合物的药动药代性质。将化合物的SMILES导入网站后,网站会自动进行物化性质、脂溶性、水溶性、成药性、假阳性程度、合成难易度、警惕结构等方面的预测。此外,该数据库支持同时进行多种化合物的药代药动性质预测,所以能够很好地做出对比。
02 admetSAR
admetSAR是华东理工大学唐赟老师团队开发的一个预测和优化化合物ADMET的网络服务器。支持文本和结构检索且不断更新。从大量文献中精心整理了超过210,000个ADMET注释的数据点,涉及45种ADMET相关性质,超过96000个独特化合物。用户界面十分友好,可以使用CAS注册表号、通用名称或结构相似性来查询特定的化学文件。该数据库包括22个定性分类模型和5个定量回归模型,具有较高的预测精度,可以估计新化学品的生态/哺乳动物ADMET特性。
03 vNN -ADMET
这个公开免费在线平台可以预测化合物的吸收、分布、代谢、排泄和毒性 (ADMET) 特性,并基于可变最近邻 (vNN)
方法构建新模型。目前已开发了 15 个 ADMET
预测模型,能快速可靠地评估一些最重要的特性,例如细胞毒性、致突变性、心脏毒性、药物-药物相互作用、微粒体稳定性和药物诱导的肝损伤。
04 FAFDrugs4
这是一个用于在计算机筛选或相关建模研究之前过滤大型化合物库的程序。该工具可以对一些 ADME-Tox
特性(吸附、分布、代谢、排泄和毒性)进行计算预测,以帮助在排序或合成之前选择合适的先导化合物。FAF- Drugs
4使用预定义的过滤器,但用户也可以自定义过滤参数。如果用户只需要整理一个小型化合物库(无需计算其他属性),则可以使用Bank-Cleaner服务。
05 PAINS-Remover
这恐怕是化学人家喻户晓的一个工具了,PAINS化合物可能以各种方式干扰药物筛选从而降低科研效率,因此在真正开展试验筛选前需要去掉这些假阳性化合物。这个网站可以帮助科研人员判断一个或一组化合物是否是PAINS。支持手绘结构或化合物smiles清单。
06 ADMETlab 2.0
中南大学曹东升教授和浙江大学侯廷军教授联合开发了这个全面的药代动力学和毒性在线预测平台,ADMETlab
2.0支持计算的ADMET相关终点数目是上一版本的两倍,包括17个基本理化性质,13个药物化学性质,23个ADME性质,27个毒性终点以及8个毒性团规则(751个子结构)。本次更新使用多任务图注意力框架进行模型训练;新增添的批量计算模块提升了计算效率;结果展示和解释界面也作了进一步优化。无需注册即可免费访问。
07 Xundrug
华东师范大学-上海纽约大学联合研究中心计算化学组的季长鸽团队开发的Xundrug,集成了4个药物设计在线服务,包括预测毒性的eMolTox,预测pKa的MolGpKa,使用生物等排体替代物进行先导化合物优化的MolOpt以及通过片段替换来开展基于片段的药物设计的FragRep。操作页面简洁明了,对新手十分友好。
08 ProTox-II
ProTox-II 由 33
个模型组成,是一个免费提供的计算毒性预测网络服务器,能够预测迄今为止最大数量的毒理学终点。该网站的一个新颖之处在于,预测结果分为不同级别的毒性,例如口服毒性、器官毒性(肝毒性)、毒理学终点(例如致突变性、致癌毒性、细胞毒性和免疫毒性)、毒理学途径
(AOP) 和 毒性靶标,从而提供对这种毒性反应背后可能的分子机制的见解。新版本 ProTox-II
结合了分子相似性、基于药效团的片段倾向、最常见的特征和机器学习模型,用于预测各种毒性终点。
09 LightBBB
这个工具主攻化合物的血脑屏障(BBB)的预测,开发者从文献中汇编了 7162 种具有 BBB 渗透性的化合物(5453 个
BBB+ 和 1709 个 BBB-)的数据集并训练了一个基于 LightGBM算法的机器学习模型,结果准确率为 90%,优于现有的
BBB 渗透率预测模型,可用于促进脑药物发现早期的化合物筛选。
10 BioTransformer 3.0
可预测哺乳动物、它们的肠道微生物群以及土壤/水生微生物群的小分子代谢的软件工具,
还可以帮助科学家识别代谢物。BioTransformer
使用基于知识的方法和基于机器学习的方法来预测小分子代谢。由五个独立模块组成:EC-based、CYP450、Phase
II、Human Gut Microbial 和 Environmental Microbial。
11 MetaPred
细胞色素 P450 酶 (CYP)
是一个多基因家族的含血红素同工酶,参与药物、类固醇和致癌物的氧化代谢。MetaPred是一个用于预测细胞色素 P450
异构体的网络服务器,使用基于CDK 描述符开发出的 SVM 模型来预测药物分子/底物的代谢 CYP 异构体。
12 CyProduct
这个也是一种准确预测人类细胞色素 P450 代谢副产物的软件工具, 包括三个模块:(1)
CypReact,一种预测查询化合物是否与给定 CYP450 酶反应的工具,(2)
CypBoM,一种准确预测反应“键位点”的工具(即,查询分子与 CYP 异构体反应),以及 (3) MetaboGen,一种基于
CypBoM 的键合位点预测生成代谢副产物的工具。CyProduct可预测九种最重要的人类 CYP450
酶中的每一种的代谢生物转化产物。CyProduct 在预测代谢物方面平均优于其他软件包,包括 ADMET
Predictor、BioTransformer 和 GLORY 200%(相对于 Jaccard 评分)。
上面这些工具的详细介绍和使用方法均可在算伴网找到(scibank.net/public?fid=404),算伴作为开放社区欢迎大家上传新鲜热门的计算工具,对已有工具评分及踊跃交流使用心得。每月对社区贡献最高的人员可享高达一千元现金奖励!是不是超级有诚意?千言万语,只等您来体验!