近十年中国大分子新药研发从无到有，逐步建立起了重要地位，而这带走了诸位茂密的头发。

要想减缓掉发的速度，就得靠先人一步解决科学问题的科研效率。只要成果出得够快，脱发就追不上我。研究多肽、蛋白质、抗体、聚糖与核酸药物等大分子药的各位生物人想必或多或少都听说过或亲自体会过生物医药计算工具对于科研效率提升的威力，为了大家尽情在海量数据与资料里畅游而不走弯路，算伴网（scibank.net）早已依靠社区的力量完成了对现有计算工具的评分与使用手册梳理。它涵盖了生物医药计算及科研的方方面面，只需轻轻一搜，便能快速上手心仪工具。

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看完一秒爱上这个宝藏网站

言归正传，今天先为各位研究RNA的生物人整理了数十个不可不知的最热计算工具，总有一款适合你！关注我，此系列将开启连载模式，每周三准时推送，绝对不鸽！

 

首先介绍的是一个朴实无华但巨实用的小工具，具体来说，它可以帮助计算核酸分子的基本物理化学参数。除此之外，还可以计算制备特定摩尔浓度的核酸溶液所需的质量或体积、从吸光度计算核酸浓度以及计算 dsDNA 溶液的碱基对摩尔浓度。

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可用于RNA结合蛋白预测的数据库，该数据库是RNA结合实验的数据库，包括人、小鼠、蝇和蠕虫4类物种，总共包含272个RBPs的结合数据，包括71个具有位置权重矩阵格式的基序的结合数据，以及36组免疫沉淀实验获得的体内结合转录本序列。当想要探究一个lncRNA可能的结合蛋白时，就派上用场啦。

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这个南方医科大学开发的数据库跟RBPDB不同的地方在于，后者预测与RNA结合的潜在蛋白，而RNAInter预测的范围更广，包括RNA、DNA、蛋白质和化合物。因此，数据库体量更大，包含超过4100万个RNA相关的相互作用条目，涉及超过45万分子。支持模糊/批量搜索，嵌入了四种RNA互作工具：RIscoper、IntaRNA、PRIdictor和DeepBind。

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新鲜出炉的计算方法，用于预测配体-RNA 结合的结合位点和结合模式，并且提供了基本的安装使用教程。对一组 230 个RNA 配体结合结构的测试表明，RLDOCK 可以成功预测27.8、58.3 和 69.6% 的所有测试用的配体构象，top3预测构象与晶体构象的均方根偏差在 1.0、2.0、和 3.0 Å。

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CS-Annotate的核心是一种多任务深度学习模型的运用，可以同时从化学位移指纹中对溶剂暴露、碱基堆积和配对状态以及单个RNA残基构象进行分类。配有视频演示如何使用哦。

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深度学习不仅可以用来做分类任务，基于注意力机制的多标签神经网络还可以用来预测并解释12种RNA修饰，是不是很酷？支持的修饰类型包括m6A,m1A, m5C,m5U,m6Am, m7G, Ψ, I, Am, Cm, Gm,和Um。但目前仅限于人源，而且模型并没有考虑不同RNA修饰的不同丰度。

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基于蚁群算法设计RNA序列的在线服务器，能够编译给定结构的RNA序列，该序列符合可调的全范围目标GC分布、特定的序列约束和附加的模糊结构约束。AntaRNA应用蚁群优化元启发式算法，在生物数据集上显示了其卓越的性能。

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百度研究院在LinearFold的启发下，进一步运用计算机科学开发了能设计出更稳定、蛋白质表达水平更高的mRNA序列的工具，即LinearDesign。通过动态规划算法，将序列稳定性和蛋白质翻译效率指标进行联合优化，这样大幅缩小了搜索空间，可在10分钟内找到比天然序列更加稳定且蛋白质表达水平更高的mRNA序列，且生物实验结果显示LinearDesign设计的序列最高超过基准序列达到20倍，其实际有效性和应用于生物制药领域的巨大价值得到了充分验证。

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说到RNA的结构预测怎么能少得了RNAfold呢，只是一个平平无奇预测RNA二级结构的经典工具罢了。按照自由能最小原则来预测结构,点括号表示法表示碱基的配对结果。官网提供了在线服务，只需要上传fasta格式的序列即可，so easy。默认会输出两种二级结构：optimal secondary structure和centroid secondary struture，还给出了可视化的界面。

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两者常常配合使用，是一个经典好用的RNA二级结构和三级结构预测在线服务器。MC-Fold负责生成最多150nt的二级结构，之后用MC-Sym生成的结构继续生成三级结构，输入序列和邮箱之后静候结果就好。

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当您需要预测的RNA长度超过了150nt时，可以考虑试试这个工具，它最多可以预测500nt内的RNA。预测的算法是基于RNA FRABASE数据库（包含RNA二级结构和三级结构的元素）开发的，可一次预测单个RNA结构，也可批量预测，一次最多可提交10个RNA序列，需要注意的是：批量预测功能需要注册。

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一个利用深度学习预测RNA结构的神奇工具，作者只使用了18个结构已知的RNA进行训练就在结构预测比赛中产生了最佳的结果。因为它仅使用原子坐标作为输入并且不包含特定的RNA信息，所以Ares适合结构生物学、化学和材料化学等领域的各种问题。在线网站的使用也很简单，提交包含候选结构模型的Rosetta silent file或PDB文件，网站将为提交文件中的每一个模型输出一个分数（越低越好）。

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上面这些工具的详细介绍和使用方法均可在算伴网找到，好不好用试了才知道，记得在工具下方的评论区留下使用反馈哦，每月对社区贡献最高的人员可享高达一千元现金奖励！是不是超级有诚意？千言万语，只等您来体验！

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