（1）国企混合所有制改革的内涵和外延不清晰，主要原因是国资股权多元化与混合所有制混杂等问题突出。很多已经完成了改制的企业里，法人治理结构并没有发生变化，只是注册方式由全民所有制改成公司制，且资本结构仍是国有独资。这些国有独资的公司不属于混合所有制企业，他们的改制也不属于混合所有制改革，但在目前的改革实践和研究分析中，并没有进行区分，仍模糊地将改制作为国企混合所有制改革的主要途径之一，这是混合所有制改革内涵和外延不清晰问题造成的。还有的研究和实践将央企重组和不同层级的国有企业重组以及国企改制作为混合所有制改革的重要内容，这也存在着类似的混合所有制改革内涵和外延不清晰问题，使得国资股权多元化与混合所有制混杂，如煤电一体化重组、央企重组等。

（2）国企混合所有制改革如果不能实现企业去行政化管理，则不能保障国有企业成为真正的市场经营主体，相当一部分“混改”后的企业的决策与经营行为没有根本性改变，主要原因是法律和政策体系的缺失。混合所有制改革虽然改变了国有独资的股权结构，但是仍然在国有股权比例上存在一些问题，国有绝对控股、国有相对控股、国有参股的功能和管理方式没有得到进一步明确，存在同股不同权问题。另外，很多企业都是整合二级、三级子公司上市来完成混合所有制改革的任务，集团公司业务没有发生实质性变化，国有企业领导人的双重身份局面仍未改变，使得行政化管理难以向市场化转变。

（3）混合所有制改革并不能很好地解决影响国有企业过度投资和非理性投资的政府干预以及国有企业的经理人代理问题。即使新一轮混合所有制改革形成了新的“三会一层”的法人公司治理结构，但由于混合所有制企业中国有企业与民营企业权利不明确，“三会一层”难以实现权责分明，不能发挥各自的作用，故不能保障形成有效的制衡机制。而在法律层面上，无论是《企业法》，还是《公司法》，都没有对政府这个监管者的权利进行约束。如果企业经营不实现去行政化，国有企业和改制以后的混合所有制企业的市场主体地位就无法得到保障。实际上，在国有企业混合所有制改革的过程中，没有出台针对混合所有制改革的专项法律，来保障不同所有制企业的资本处决权利。在政策层面上，在国有企业改革“1+N”政策体系的顶层设计下，虽然在试点、税收等方面出台了一些政策，混改也在国企改革“双百行动”中被作为一个重点改革方向，但总体来说，各细分产业领域国企混合所有制改革也缺乏细分的、针对不同模式改革的具体政策体系。

（4）国有资产流失担忧、同股不同权与企业融合难成为阻碍各细分产业领域国企混合所有制改革的重要因素，主要原因是现有的资产评估机制、国有资产管理体制、国有资产监督机制和产权交易市场的发展都不完善，仍不能为混合所有制改革提供良好的外部条件。虽然政策文件指明了国有资本与非国有资本混合的原则性标准，但并没有形成具体的管理机制来指导怎么“混”和“混”多少。在混合的过程中，可能出现低估国有资产、高估非国有资产，或是国有企业管理层及非国有资本投资者串通的机会主义行为。因此，这些可能性情况使得国有企业管理层产生混合所有制改革会导致国有资产流失的担忧，影响国有企业进行混合所有制改革的推进。同时，民营企业虽然想通过发展混合所有制企业来获得各细分产业领域国有企业的政策资源，但由于担心同股不同权问题会导致他们在混改中没有话语权，无法保障自己的股权权益，因而不敢冒风险。另外，由于国有企业与非国有企业在文化、制度规范等方面存在很多差异，在发展混合所有制过程中可能存在企业融合难的问题。