但是，科技创新券政策在实际操作中还存在一些不足之处，主要体现在以下几个方面。

     （1）科研机构数量与服务内容不能满足企业需求。目前，各地在发行科技创新券时，对于使用科技创新券的科研机构范围提出了明确要求，认定可以使用科技创新券的本地科研机构范围较窄，服务内容也不够丰富，一般都面向本地的高等学校、科研院所或者科技服务平台，有的地区对科技创新券机构范围设置得更窄。

       如湖北省武汉市科技创新券仅能在本市 5 类国家级创新载体内使用 ，致使企业可以使用科技创新券的本地服务机构较少，提供的服务内容也较少，直接导致的后果就是企业有券无处使用，科技创新券使用效果不理想，如湖北省武汉市首次实施科技创新券政策，发放 3000 万元的科技创新券，企业实际兑付 55 万元，科技创新券兑现比例仅为 1.83%。

      （2）科技创新券不能跨区使用。科技创新券使用一般都有地区限制，除了浙江省长兴县的科技创新券可以在上海市异地使用之外，其他地区都规定只有本地区的企业或者创新团队才能申请使用，而且科技创新券也只能在本地区的科研服务机构或者科技服务平台内使用。

在有的地区科研机构不能对当地的中小企业和创业团队提供所需要的服务，使得企业不得不去外地购买服务，可是在他地申请科技创新券时又不符合政策要求，这样就限制了企业获取科技服务的范围，降低了科技创新券的使用效力。

      （3）科技创新券兑现周期长。各地发行的科技创新券，兑现都要求在规定的时间内报销，一般是一年两次，有的是一年集中办理一次兑现，由科技创新券持有者在年底或者第二年上半年持有效证明材料到有关部门申请兑付。

      中小企业在使用科技创新券购买科技服务时，前期投入要么是企业先自行垫付，如上海市科技创新券就是先由企业垫付；要么是由科研机构先行垫付，如北京市的科技创新券，企业只要交付科技创新券就可以获得科研机构的服务，科研机构带着科技创新券再到科技部门报销。

      这种方式使得企业或科研机构利用科技创新券投入的资金到科技部门报销需要有一个周期，有的周期还比较长，对于初创期的中小微企业来说，本身就资金短缺，科技创新券兑现周期长，影响了企业的现金流，同时也影响了科研机构人员的积极性，制约了科技创新券实际效果的发挥。

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