Annexin V检测细胞凋亡的原理正常细胞膜磷脂的分布是不对称的，膜内表面含负电的磷脂（如磷脂酰丝氨酸，PS），而膜外表面含有占绝大多数的中性磷脂。在细胞凋亡的早期，细胞膜内的PS会从内侧翻转到细胞膜表面。      

Annexin V是一种钙依赖性磷脂结合蛋白，能与PS高亲和力特异性结合。      

PI是一种核酸染料，它不能透过完整的细胞膜，而早期凋亡细胞的细胞膜是完好的，对PI有拒染性。但在凋亡中晚期的细胞和死细胞，PI能透过细胞膜而使细胞核染上。      

因此Annexin V 和PI同时使用，可以将凋亡早期的细胞与其它细胞区别开来。
细胞凋亡（Annexin V-FITC/PI染色）检测的实验步骤：细胞凋亡（Annexin V-FITC/PI染色）适用于：细胞未转染GFP或未使用红色药物。
1．收集细胞：包括漂浮在培养基上的细胞；之后，须把EDTA洗去，PBS或培养基重悬送样，正常组细胞分出200μl体积不染色；2．离心：1000转/分，5分钟，弃上清；3．重悬：加入200μl Binding Buffer，混匀；4．染色：加入5μl Annexin V-FITC，室温避光孵育10分钟；5．离心：1000转/分，5分钟，弃上清；6．重悬：加入200μl Binding Buffer，混匀；7．染色：加入5μl PI，直接上机。
细胞凋亡双染的时候要注意什么？
包括漂浮在培养基上的细胞，一起收集；
洗细胞后，建议轻轻摇匀细胞沉淀，避免使用加液枪，以免由于塑料枪头的使用造成细胞损失；
一次检测很多样本，加入PI应该有一定的时间间隔（一般以30~60s为宜），因为PI本身有毒。
对照组凋亡比例高的原因
细胞状态不好； 
细胞收集后存放的时间太长，没有及时染色； 
细胞表面原有的PS相对较多，应选用低浓度的AnnexinV标记；
PBMC表面往往有血小板黏附在细胞表面，造成Annexin V阳性率偏高；
过分吹打、震荡或胰酶消化等，可能使PS暴露出来。
处理组凋亡比例低的原因
凋亡刺激得不够； 
细胞本身生长状态可能对刺激因素不敏感，如过度增殖的细胞对凋亡的诱导不太敏感；
Annexin V的结合缓冲液失效，应4 保存； 
贴壁细胞消化时间过长，膜表面的PS受损，Annexin V结合位点减少。