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phonopy+vaspdfpt计算声子谱图输出及不可约表示

(2017-11-20 19:19:08)

 1.建POSCAR, phonopy产生超包代码:

$ phonopy -d --dim="2 2 1"

2. $mv POSCAR POSCAR-unitcell,留作分析时用,$mv SPOSCAR  POSCAR,用超胞做POSCAR。

3.建INCAR,POTCAR,KPOINTS,计算力常数$vasp

4.phonopy --fc vasprun.xml,获得 FORCE_CONSTANTS

5.新建band.conf

ATOM_NAME = Li B

DIM = 2 2 1

PRIMITIVE_AXIS = 1.0 0.0 0.0  0.0 1.0 0.0  0.0 0.0 1.0

BAND = 0.0 0.0 0.0  0.0 0.0 0.5  -0.333 0.667 0.5  -0.333 0.667 0.0  0.0 0.0 0.0  0.0 0.5 0.0  0.0 0.5 0.5  -0.333 0.667 0.5

BAND_POINTS = 51

#BAND_LABELS = \Gamma A H K \Gamma M L H

FORCE_CONSTANTS = READ

EIGENVECTORS = .TRUE.

通过Xmanager连接服务器,在root下利用xcrysden出图,执行root$phonopy -c POSCAR-unitcell -p band.conf,自动产生声子谱图片.
6.可视化
在band.conf中再加入
ANIME_TYPE = V_SIM
ANIME = 0.0 0.0 0.0
通过Xmanager连接服务器,再次执行root$phonopy -c POSCAR-unitcell -p band.conf
会生成anime.ascii文件
打开anime.ascii会看到
# Phonopy generated file for v_sim 3.6
    3.096226595   -1.548113298    2.681410887
    0.000000000    0.000000000    5.948848501
在windows下载v_sim 3.6,导入,即可进行可视化。
7.不可约
[root@ysu32 disp]#  phonopy --dim="2 2 1" -c POSCAR-unitcell --readfc --irreps="0 0 0 1e-03"
        _
  _ __ | |__   ___  _ __   ___   _ __  _   _
 | '_ \| '_ \ / _ \| '_ \ / _ \ | '_ \| | | |
 | |_) | | | | (_) | | | | (_) || |_) | |_| |
 | .__/|_| |_|\___/|_| |_|\___(_) .__/ \__, |
 |_|                            |_|    |___/
                                     1.11.10

Force constants are read from FORCE_CONSTANTS.
Python version 2.7.13
Spglib version 1.9.9
Ir-representation mode
Settings:
  Supercell: [2 2 1]
Spacegroup: P-3m1 (164)

-------------------------------
  Irreducible representations
-------------------------------
q-point: [ 0.  0.  0.]
Point group: -3m

Original rotation matrices:

     1         2         3         4         5         6    
 --------  --------  --------  --------  --------  -------- 
  1  0  0  -1  0  0   0 -1  0   0  1  0  -1  1  0   1 -1  
  0  1  0   0 -1  0   1 -1  0  -1  1  0  -1  0  0   1  0  
  0  0  1   0  0 -1   0  0  1   0  0 -1   0  0  1   0  0 -1 

     7         8         9        10        11        12    
 --------  --------  --------  --------  --------  -------- 
 -1  0  0   1  0  0   0  1  0   0 -1  0   1 -1  0  -1  1  
 -1  1  0   1 -1  0   1  0  0  -1  0  0   0 -1  0   0  1  
  0  0 -1   0  0  1   0  0 -1   0  0  1   0  0 -1   0  0  

Transformation matrix:

-0.000 -1.000  0.000
 1.000 -1.000  0.000
 0.000  0.000  1.000

Rotation matrices by transformation matrix:

     E         i        C3        S6        C3        S6    
 --------  --------  --------  --------  --------  -------- 
  1  0  0  -1  0  0   0 -1  0   0  1  0  -1  1  0   1 -1  
  0  1  0   0 -1  0   1 -1  0  -1  1  0  -1  0  0   1  0  
  0  0  1   0  0 -1   0  0  1   0  0 -1   0  0  1   0  0 -1 

    C2'       sgd       C2'       sgd       C2'       sgd   
 --------  --------  --------  --------  --------  -------- 
  0  1  0   0 -1  0   1 -1  0  -1  1  0  -1  0  0   1  0  
  1  0  0  -1  0  0   0 -1  0   0  1  0  -1  1  0   1 -1  
  0  0 -1   0  0  1   0  0 -1   0  0  1   0  0 -1   0  0  

Character table:

  1 (  -0.037): Not found. Try adjusting tolerance value in IRREPS.
    ( 2,   0.0) ( 2, 180.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) 
    ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0, 180.0) ( 0,   0.0) ( 0, 180.0) ( 0,   0.0) 

  3 (  -0.021): Not found. Try adjusting tolerance value in IRREPS.
    ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) 
    ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) 

  4 (   9.627): Eu
    ( 2,   0.0) ( 2, 180.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) 
    ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) 

  6 (  10.620): Eg
    ( 2,   0.0) ( 2,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1, 180.0) ( 1, 180.0) ( 1, 180.0) 
    ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) 

  8 (  11.481): A2u
    ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) 
    ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) 

  9 (  13.711): A1g
( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) 
    ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) 

 10 (  16.576): A2u
    ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) 
    ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) 

 11 (  18.069): A1g
    ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) 
    ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) 

 12 (  18.090): Eg
    ( 2,   0.0) ( 2,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1, 180.0) ( 1, 180.0) ( 1, 180.0) 
    ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) 

 14 (  20.975): A1g
    ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) 
    ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) ( 1,   0.0) 

 15 (  21.132): Eu
    ( 2,   0.0) ( 2, 180.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1,   0.0) 
    ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) 

 17 (  22.319): Eg
    ( 2,   0.0) ( 2,   0.0) ( 1, 180.0) ( 1, 180.0) ( 1, 180.0) ( 1, 180.0) 
    ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) ( 0,   0.0) 

                 _
   ___ _ __   __| |
  / _ \ '_ \ / _` |
 |  __/ | | | (_| |
  \___|_| |_|\__,_|
8.$bandplot --gnuplot > phono.dat
生成phono.dat文件,该文件导入origin画图。



 


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