1.建POSCAR,
phonopy产生超包代码:
$ phonopy -d --dim="2 2 1"
2. $mv POSCAR POSCAR-unitcell,留作分析时用,$mv
SPOSCAR POSCAR,用超胞做POSCAR。
3.建INCAR,POTCAR,KPOINTS,计算力常数$vasp
4.phonopy --fc vasprun.xml,获得
FORCE_CONSTANTS
5.新建band.conf
ATOM_NAME = Li B
DIM = 2 2 1
PRIMITIVE_AXIS = 1.0 0.0 0.0 0.0
1.0 0.0 0.0 0.0 1.0
BAND = 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5
-0.333 0.667 0.5 -0.333 0.667
0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 0.0
0.0 0.5 0.5 -0.333 0.667
0.5
BAND_POINTS = 51
#BAND_LABELS = \Gamma A H K \Gamma M L H
FORCE_CONSTANTS = READ
EIGENVECTORS = .TRUE.
通过Xmanager连接服务器,在root下利用xcrysden出图,执行root$phonopy -c
POSCAR-unitcell -p band.conf,自动产生声子谱图片.
6.可视化
在band.conf中再加入
ANIME_TYPE = V_SIM
ANIME = 0.0 0.0 0.0
通过Xmanager连接服务器,再次执行root$phonopy -c POSCAR-unitcell -p
band.conf
会生成anime.ascii文件
打开anime.ascii会看到
# Phonopy generated file for v_sim 3.6
3.096226595
-1.548113298
2.681410887
0.000000000
0.000000000
5.948848501
在windows下载v_sim 3.6,导入,即可进行可视化。
7.不可约
[root@ysu32 disp]# phonopy --dim="2 2 1" -c
POSCAR-unitcell --readfc --irreps="0 0 0 1e-03"
_
_ __ | |__ ___
_ __ ___ _
__ _ _
| '_ \| '_ \ / _ \| '_ \ / _ \ | '_ \| | |
|
| |_) | | | | (_) | | | | (_) || |_) | |_|
|
| .__/|_| |_|\___/|_| |_|\___(_) .__/ \__,
|
|_|
|_|
|___/
1.11.10
Force constants are read from FORCE_CONSTANTS.
Python version 2.7.13
Spglib version 1.9.9
Ir-representation mode
Settings:
Supercell: [2 2 1]
Spacegroup: P-3m1 (164)
-------------------------------
Irreducible representations
-------------------------------
q-point: [ 0. 0. 0.]
Point group: -3m
Original rotation matrices:
1
2
3
4
5
6
-------- --------
-------- --------
--------
--------
1 0 0
-1 0 0
0 -1 0 0
1 0 -1
1 0 1 -1
0
0 1 0
0 -1 0 1 -1
0 -1 1
0 -1 0
0 1 0
0
0 0 1
0 0 -1 0
0 1 0
0 -1 0 0
1 0 0
-1
7
8
9
10
11
12
-------- --------
-------- --------
--------
--------
-1 0 0
1 0 0
0 1 0
0 -1 0 1 -1
0 -1 1
0
-1 1 0
1 -1 0 1
0 0 -1
0 0 0 -1
0 0 1
0
0 0 -1
0 0 1 0
0 -1 0 0
1 0 0 -1
0 0
1
Transformation matrix:
-0.000 -1.000 0.000
1.000 -1.000 0.000
0.000 0.000
1.000
Rotation matrices by transformation matrix:
E
i
C3
S6
C3
S6
-------- --------
-------- --------
--------
--------
1 0 0
-1 0 0
0 -1 0 0
1 0 -1
1 0 1 -1
0
0 1 0
0 -1 0 1 -1
0 -1 1
0 -1 0
0 1 0
0
0 0 1
0 0 -1 0
0 1 0
0 -1 0 0
1 0 0
-1
C2'
sgd
C2'
sgd
C2'
sgd
-------- --------
-------- --------
--------
--------
0 1 0
0 -1 0 1 -1
0 -1 1
0 -1 0
0 1 0
0
1 0 0
-1 0 0
0 -1 0 0
1 0 -1
1 0 1 -1
0
0 0 -1
0 0 1 0
0 -1 0 0
1 0 0 -1
0 0
1
Character table:
1 ( -0.037): Not found.
Try adjusting tolerance value in IRREPS.
( 2,
0.0) ( 2, 180.0) ( 1, 180.0) ( 1, 0.0) ( 1,
180.0) ( 1, 0.0)
( 0,
0.0) ( 0, 0.0) ( 0, 180.0) ( 0,
0.0) ( 0, 180.0) ( 0,
0.0)
3 ( -0.021): Not found.
Try adjusting tolerance value in IRREPS.
( 1,
0.0) ( 1, 180.0) ( 1, 0.0) ( 1, 180.0) ( 1,
0.0) ( 1, 180.0)
( 1, 180.0) ( 1,
0.0) ( 1, 180.0) ( 1, 0.0) (
1, 180.0) ( 1, 0.0)
4 ( 9.627): Eu
( 2,
0.0) ( 2, 180.0) ( 1, 180.0) ( 1, 0.0) ( 1,
180.0) ( 1, 0.0)
( 0,
0.0) ( 0, 0.0) ( 0, 0.0) ( 0,
0.0) ( 0, 0.0) ( 0,
0.0)
6 ( 10.620): Eg
( 2,
0.0) ( 2, 0.0) ( 1, 180.0) ( 1, 180.0) ( 1,
180.0) ( 1, 180.0)
( 0,
0.0) ( 0, 0.0) ( 0, 0.0) ( 0,
0.0) ( 0, 0.0) ( 0,
0.0)
8 ( 11.481): A2u
( 1,
0.0) ( 1, 180.0) ( 1, 0.0) ( 1, 180.0) ( 1,
0.0) ( 1, 180.0)
( 1, 180.0) ( 1,
0.0) ( 1, 180.0) ( 1, 0.0) (
1, 180.0) ( 1, 0.0)
9 ( 13.711): A1g
( 1, 0.0) ( 1, 0.0) ( 1,
0.0) ( 1, 0.0) ( 1,
0.0) ( 1,
0.0)
( 1,
0.0) ( 1, 0.0) ( 1, 0.0) ( 1,
0.0) ( 1, 0.0) ( 1,
0.0)
10 ( 16.576): A2u
( 1,
0.0) ( 1, 180.0) ( 1, 0.0) ( 1, 180.0) ( 1,
0.0) ( 1, 180.0)
( 1, 180.0) ( 1,
0.0) ( 1, 180.0) ( 1, 0.0) (
1, 180.0) ( 1, 0.0)
11 ( 18.069): A1g
( 1,
0.0) ( 1, 0.0) ( 1, 0.0) ( 1,
0.0) ( 1, 0.0) ( 1,
0.0)
( 1,
0.0) ( 1, 0.0) ( 1, 0.0) ( 1,
0.0) ( 1, 0.0) ( 1,
0.0)
12 ( 18.090): Eg
( 2,
0.0) ( 2, 0.0) ( 1, 180.0) ( 1, 180.0) ( 1,
180.0) ( 1, 180.0)
( 0,
0.0) ( 0, 0.0) ( 0, 0.0) ( 0,
0.0) ( 0, 0.0) ( 0,
0.0)
14 ( 20.975): A1g
( 1,
0.0) ( 1, 0.0) ( 1, 0.0) ( 1,
0.0) ( 1, 0.0) ( 1,
0.0)
( 1,
0.0) ( 1, 0.0) ( 1, 0.0) ( 1,
0.0) ( 1, 0.0) ( 1,
0.0)
15 ( 21.132): Eu
( 2,
0.0) ( 2, 180.0) ( 1, 180.0) ( 1, 0.0) ( 1,
180.0) ( 1, 0.0)
( 0,
0.0) ( 0, 0.0) ( 0, 0.0) ( 0,
0.0) ( 0, 0.0) ( 0,
0.0)
17 ( 22.319): Eg
( 2,
0.0) ( 2, 0.0) ( 1, 180.0) ( 1, 180.0) ( 1,
180.0) ( 1, 180.0)
( 0,
0.0) ( 0, 0.0) ( 0, 0.0) ( 0,
0.0) ( 0, 0.0) ( 0,
0.0)
_
___ _ __
__| |
/ _ \ '_ \ / _` |
| __/ | | | (_| |
\___|_| |_|\__,_|
8.$bandplot --gnuplot > phono.dat
生成phono.dat文件,该文件导入origin画图。
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