Kallisto软件定量RNAseq_生信届小学生

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Kallisto软件定量RNAseq

(2017-08-30 12:29:21)

Kallisto软件步骤

安装：

index建立转录组索引和 quant进行转录本水平的表达定量

用法：

kallisto index PATH/Mus_musculus.GRCm38.cdna.all.fa.gz -i ensemblgrc38.mm.87

kallisto quant -i PATH/ensemblgrc38.mm.87 -o ./ -t 24 PATH/R1.clean.fastq.gz PATH/R2.clean.fastq.gz

abundances.h5：HDF5二进制格式的文件，包含了运行日志信息、表达丰度估计值、bootstrap估计和转录本长度信息。该文件可以直接用sleuth读取处理，也可以使用kallisto h5dump命令将其转变为纯文本的tsv格式文件；

abundances.tsv：包含有表头的纯本文tsv格式文件，表头是：target_id, length, eff_length, est_counts, tpm；

run_info.json：一个json格式的日志文件

more abundance.tsv

target_id length eff_length est_counts tpm

NM_001168316 2283 2105.9 160.606 12581

NM_174914 2385 2207.9 1500.72 112128

NR_031764 1853 1675.9 102.671 10106.2

NM_004503 1681 1503.9 331.118 36320.7

NM_006897 1541 1363.9 664 80311.3

NM_014212 2037 1859.9 55 4878.25

NM_014620 2300 2122.9 591.166 45937.9

NM_017409 1959 1781.9 47 4351.17

NM_017410 2396 2218.9 42 3122.5

NM_018953 1612 1434.9 227.999 26212.1

NM_022658 2288 2110.9 4881 381446

NM_153633 1666 1488.9 361.044 40002.4

NM_153693 2072 1894.9 73.6719 6413.67

NM_173860 849 671.903 962 236189

NR_003084 1640 1462.9 0.00164208 0.18517

文献来源：2016年4月4日，NBT杂志上发表了一篇题为“Near-optimal probabilistic RNA-seq quantification”的论文。数据量化软件 Kallisto成为了该文的主要亮点。Kallisto能在10分钟之内完成30M Reads的序列比对和定量分析。

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