大多肛瘘的预后情况都比较良好，肛瘘大部分经手术治疗以后能够完全治愈，肛瘘按瘘管位置的高低分为高位肛瘘和低位肛瘘，按瘘管的数目多少分为单纯性肛瘘和复杂性肛瘘。低位肛瘘特别是单纯性的低位肛瘘，手术的治愈率可以接近100%，而高位肛瘘可以先挂线术，手术的治愈几率也比较高，可以达到80%以上。对于一些高位复杂性肛瘘，特别是对多次手术后仍旧复发的患者，需要在术前明确相关检查，明确内口的位置以及数量再行手术，有必要找有经验的肛肠科医生手术，防止术后复发。对于一些高位复杂性肛瘘，多次手术，仍然出现复发的，可以建议带瘘管生存。