随后安装biopython：pip install biopython 一路按照提示安装好。

测试一下，输入python，出现>>>import Bio（如果在这一步报错，说明Biopython没有安装好）。再输入>>>print Bio.__version__，显示版本号，我这里是1.68。现在我们可以使用Biopython了，请一脸骄傲地鼓掌http://www/uc/myshow/blog/misc/gif/E___7392ZH00SIGG.gif+ Biopython简单安装入门" TITLE="Ubuntu16.04 + Biopython简单安装入门" />

http://s8/mw690/006F8Fblzy78y5qWfNJf7&690+ Biopython简单安装入门" TITLE="Ubuntu16.04 + Biopython简单安装入门" />

2、举个栗子，写个biopython.py 输出sequence.fasta文件中的序列信息

PS.如果不会blast+，请阅读http://blog.sina.com.cn/s/blog_16bde33f30102wq9x.html

from Bio import SeqIO
for seq_record in SeqIO.parse("sequence.fasta","fasta"):
    print seq_record.id
    print repr(seq_record.seq)
    print len(seq_record)http://s10/mw690/006F8Fblzy78zNyswDDf9&690+ Biopython简单安装入门" TITLE="Ubuntu16.04 + Biopython简单安装入门" />
在终端运行python ciopython.py。你会得到如下图所示的结果，为了清晰，sequence.fasta文件中只保存了两条蛋白序列

http://s11/mw690/006F8Fblzy78zNE6DUK4a&690+ Biopython简单安装入门" TITLE="Ubuntu16.04 + Biopython简单安装入门" />

3、再举个栗子：写个try.py批量运行psiblast，每条序列输出一个pssm矩阵

PS.

/blast/db存放格式化好的数据库swissprot

/blast/example存放待测序列example.txt及输出结果

try.py直接放在/blast/bin下（虽然不规矩）

from Bio.Blast.Applications import NcbipsiblastCommandline
for i in range(1, 3+1):
   psiblast_cline=NcbipsiblastCommandline(in_msa="../example/example.txt", db="../db/swissprot", out_ascii_pssm="../example/"+str(i)+".txt", msa_master_idx=i)  

    stdout,stderr=psiblast_cline()

http://s14/mw690/006F8Fblzy78zO5OY9f6d&690+ Biopython简单安装入门" TITLE="Ubuntu16.04 + Biopython简单安装入门" />
终端运行try.py的结果是在/example文件夹下出现三个文件，分别存放了三条序列的PSSM矩阵。