在Western实验中，蛋白Marker可以监控蛋白质在SDS-PAGE中的迁移，监控蛋白的转膜效率，确定蛋白分子量大小。选择正确的蛋白Marker是western blot实验成功的必备条件之一。

蛋白Marker分为两种：一种是未预染的Marker，即宽分子量蛋白标准，高分子量蛋白标准及低分子量蛋白标准；另一种是预染的Marker，即单色预染和多色预染。
一、未预染蛋白Marker

未预染的蛋白Marker是最简单，也是最准确的一种，由于没有附带染料分子或者标记大小正好是蛋白原本的大小，是精确判断蛋白大小必须的。现在的Marker多数选用预混合的marker，方便不同大小蛋白的比较。
二、预染蛋白Marker

预染蛋白Marker是一些纯化较好的蛋白混合物，通过与染料共价偶联，在电泳过程中或者转膜时可以直接观察到。预染Marker的出现方便了我们的实验，这种蛋白分子量标准可以帮助我们在电泳时，电泳后，以及转膜后检测电泳情况和估计迁移率。值得注意的是预染蛋白Marker与染料共价偶联，所以在不同的缓冲条件下电泳时迁移特性可能会发生某些变化，可能导致一些偏差，所以不太适合精确定位蛋白。

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