加载中…[转载]利用bedtools提取序列
(2018-08-23 08:33:38)
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原文地址：利用bedtools提取序列作者：fanyucai
一、bed文件由12行组成不过，最少由前三行组成（http://www.genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1）：
1. chrom
2. chromStart
3. chromEnd
4.
name
5.
score - A score between 0 and 1000.
6.
strand
7.
thickStart
8.
thickEnd
9.
itemRgb
10. blockCount
11. blockSizes
12. blockStarts
二、cat genes.bed12
chr1 164404
173864
ENST00000466557.1
0
- 173864 173864 0 2 387,59,
0,1479，
数字2代表2个blcok
387,59,每个block对应的长度
0,1479，每个block的起点针对染色体的相对位置
bedtools getfasta -fi
chr1.fa -bed genes.bed12 -split -name
另外需要samtools faidx chr1.fa
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