蛋白质组研究的实验技术流程一般为样品(蛋白混合物) 经二维凝胶电泳，染色，胶上蛋白酶切，进入质谱鉴定；或样品(蛋白混合物) 直接经酶切，色谱分离，进入质谱进行鉴定。

在二维凝胶电泳的实验中，可以通过比较染色后的2 张2DE-gel 图像中蛋白点的光密度值进行差异定量，或比较同种蛋白经同位素标记和未经标记的串联质谱峰面积进行差异定量。 但这两种常用技术由于在样品处理上费时费力，不利于大规模的蛋白质组定量。

因此，兴起了无标记的质谱定量方法，这种方法只需分析大规模鉴定蛋白时所产生的质谱数据，用蛋白相应肽段的质谱数据进行定量。

非标定量法(Label free)是近年来重要的质谱定量方法，通过比较质谱分析次数或质谱峰强度，分析不同来源样品蛋白的数量变化。该技术无需昂贵的同位素标签做内标，提高了低丰度蛋白质的检测效率和蛋白质定量的准确性，广受科研工作者的推崇。

非标定量法( Label-free) 是通过比较质谱分析次数或质谱峰强度，分析不同来源样品蛋白的数量变化，认为肽段在质谱中被捕获检测的频率与其在混合物中的丰度成正相关， 因此蛋白 质被质谱检测的计数反映了蛋白质的丰度，通过适当的数学公式可以将质谱检测计数与蛋白质的量联系起来,从而对蛋白质进行定量。按照其原理主要分为两种，第一种spectrum counts类的非标记方法，发展比较早，已经形成多种定量算法，但是主要的原理都是以MS2的鉴定结果为定量基础，各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。第二种非标记定量的原理是以MS1为基础，计算每个肽段的信号强度在LC-MS上的积分。