肽库概念：

肽库，是大量特定长度且序列不同的小肽的集合,它包括了该长度短肽中各种(或绝大部分)氨基酸序列的排列组合。有些多肽虽然其序列与抗原的天然表位不同，但在结合抗体或配体时的方式是相同的，因此这种具有关键氨基酸残基的多肽称为模拟表位(mimotope)。模拟表位的概念在肽库发展过程中起到了重要的推动作用。肽库能够为药物设计，蛋白质-蛋白质相互作用以及其他生化和药物研究和应用提供强大的工具。

生物学和化学研究中，多肽文库是一种强大的筛选工具。它用于从大批量多肽中筛选极少量具关键生物活性的多肽。多肽文库在蛋白质组学及其相关领域应用范围非常广泛，如药物研发、蛋白-蛋白相互作用、抗原表位筛选、GPCR配体筛选、蛋白功能分析、酶底物或抑制剂筛选、信使分子研发及多肽/蛋白信号对答等。

首尾相搭多肽矩阵（Overlapping Peptide Library): 主要用于全蛋白扫描。蛋白从N端开始，逐步向C端截取设计后，最后很有可能会剩下一条孤肽(Orphan peptide)，我们建议一般是将N端转移一个或者几个氨基酸过来，以保持一致长度。

截头多肽矩阵（Truncation Peptide Library）: 用于确定表位的最小范围。截头多肽矩阵的建立方法一般是系统性地去除原多肽序列两侧氨基酸而得到的。头多肽矩阵用于鉴定与活性有关的最少氨基酸序列。

Ala筛选矩阵(Alanine Peptide Scanning Library): 用于鉴定多肽各位点对生物活性的影响。Ala被系统性地、依次地替代多肽序列中的每一个氨基酸。通过Ala筛选肽库以辨出某一特定氨基酸对整个蛋白结构、功能和其他生物活性的影响。

随机多肽文库（Random Peptide Library）: 此多肽文库的设计是以20种天然氨基酸通过鸟枪式法（shotgun approach）同时地、随机地取代被选择的氨基酸残基。这类文库中的替代肽有可能是增强多肽活性的。

乱序肽库（Scrambled Peptide Library）: 此类型库的设计是基于原有多肽氨基酸序列的内部置换。它是突变程度最高的多肽文库，被搅乱的多肽通常被用于作为阴性对照证实某一特定序列是蛋白功能或活性的关健。它也是一个用来发现新目标的随机筛选工具。

单位点扫描矩阵(Positional Scanning Peptide Library)： 用于序列改造以提高多肽活性。多肽某个选定的区域或位点被系统地用其他氨基酸替换，这类肽库有助于研究人员发现在某个特定位置上具有特殊影响或活性的特定区域。

（1）基于已知结构的定制肽库

基于已知化合物的结构，采用包括但不限于以下方式构建与设计系列多肽，并针对目标化合物的功能与适应症进行筛选，以期获得具有目标药效的新分子或新结构。

N端、C端、侧链修饰：酰基化、酯基化、PEG化，beta-氨基酸取代，D氨基酸取代，主链氨基甲基化、二硫键替代、构象锁定（螺旋、beta-sheet）、镜像多肽、环肽（首尾环化、侧链环化）、特殊分子标记，羟基酸取代

（2）噬菌体展示肽库

人工合成编码随机多肽段的基因，然后把这些基因克隆到噬菌体载体中去，通过噬菌体表位展示技术把多肽一一展示在噬菌体表面,构建一个多肽文库。筛选时，依据特定的受体靶标与肽库中某些多肽的特异相互作用，从文库中筛选出与特定靶标相结合的多肽。

（3）一株一物化学组合多肽库

组合库是通过在树脂上随机合成多肽且一次性能合成成千上万个多肽的多肽库。例如，5肽库就会有5的5次方个五肽，9肽库就会有9的9次方个九肽。然后筛选时，依据特定的受体靶标与肽库中某些多肽的特异相互作用，筛选出与特定靶标相结合的多肽。

（4）DNA编码的化学组合多肽库

载体树脂上随机合成多肽且同时包含DNA合成的由成千上万个多肽与DNA组合成的肽库，其中每接一个氨基酸就会对应合成几个核苷酸来编码多肽的信息。进行筛选时，受体靶标需要接一个荧光分子，某个多肽若与受体结合，相应的的树脂就会有荧光。再将这些有荧光的树脂作为模板进行PCR扩增，然后经过测序来获取多肽的信息。