加载中…“活化石”银杏基因组测序完成
(2016-11-30 13:44:22) 据悉，该研究由华大基因、浙江大学和中国科学院的科学家团队完成，研究人员从头组装并分析了这个超大的基因组。其基因组信息可以在植物防御昆虫、病原体的研究、树木进化和生命进化的早期事件研究等方面提供广泛的研究资源。
银杏基因组太大并存在大量的重复序列，组装全基因组序列是一项非常困难的工作。”华大基因研究院生命大数据研究所负责人陈文彬表示，银杏基因组的测序产生了巨量的原始数据，如此大的数据量和基因组中高比例的重复序列极大地考验了研究人员在基因组组装时的内存优化和信息处理能力。
为了更好地了解银杏的防御机制，研究人员从注释的约四万个基因中分析了在植物中已知的与防御机制相关的基因家族。
研究发现表明，银杏具有多重防御机制：基因家族的扩增，高剂量的特定基因，以及其防御基因的多样性。这些特点都可能与银杏非凡的恢复能力相关。这些信息也有助于研究者更好地理解植物防御机制用于改善粮食安全。
参考文献：Draft genome of the living
fossil Ginkgo biloba. GigaScience20165:49 DOI:
10.1186/s13742-016-0154-1
文章转自测序中国
百迈客云（BMKCloud）是一个面向生物大数据分析的开放云平台，为用户提供完整的生物信息分析以及整合利用公共数据的解决方案。百迈客云科技有限公司是中国第一家商用的生物大数据分析的云计算公司，在中国拥有最大的专业用户群和开发者用户群。首次提出超融合的生物云平台，为用户提供包括生物信息分析平台、计算资源、公共数据、信息分析培训、社交平台的整合服务。百迈客云助力基因研究。
百迈客云11月文献功能更新，目前新增数十篇免费文献解读，随后每周还将持续上线更多精彩内容，欢迎登录百迈客云官网（www.biocloud.net）体验。
喜欢
0
赠金笔