加载中…【云工具】密码子偏好性分析
(2016-11-30 10:45:39) 1. 功能与应用
同一物种, 不同蛋白编码密码子在基因中出现的频率不同;
就同一种氨基酸而言, 编码该氨基酸的不同密码子的比率在不同的蛋白中也有差异,
因此生物体基因对简并密码子的选择具有一定的偏爱性。对不同物种的密码子使用偏好性进行研究，发现不同物种的基因在密码子使用上存在着明显的偏好性；不同功能的基因其密码子使用偏好性也存在较大的差异。
Codon_bias工具可以对输入的原始的FASTA文件序列进行密码子偏好性的分析，可以应用于表达载体构建，对功能未知的基因预测以及对未知表达水平的基因进行初步判定等方面。
2. 使用参数说明
infile：核苷酸序列文件（FASTA格式），文件内容如下：
3. 结果示例
程序运行生成指定文件名的文件，文件中包含密码子（各氨基酸对应的密码子和终止密码子）含量的统计信息，文件内容如下：
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