1. 功能与应用

通过与数据库进行比对，对FASTA格式文件的序列进行功能注释。可实现转录组组装获得的Unigene、新克隆的新基因及网上下载基因等序列的功能注释。例如，通过与KEGG pathway数据库比对可分析基因产物所参与的代谢通路，通过与GO数据库比对可实现基因产物分子功能、细胞组件及参与的生物学过程的预测等，为后续进一步深入研究提供基础。

2. 使用参数说明

http://s8/mw690/006v1xUAzy76tTtlPL1b7&690

infile：输入文件需为FASTA格式的文件，文件中包含需注释的核苷酸序列信息，可包含多条序列信息

数据库：Anno_function可进行9大数据库的注释，包括nr、SwissProt、Cog、 Kog、GO、Kegg、 Pfam、  nt、 TrEMBL。其中nr、SwissProt、Cog、 Kog、GO、Kegg、 Pfam这7个数据库目前使用频率比较高，nt和 TrEMBL这两个数据库因收录信息冗余度比较大，目前使用频率比较小。

子数据集：为了提高基因注释效率，提高基因注释结果的准确性，根据物种分类数据库进行了子数据集的划分，以KEGG数据库为例，子数据集包括Archaea（古生菌）、Bacteria（细菌）、Fungi（真菌）、Human（人）、Invertebrates（无脊椎动物）、Mammals（哺乳动物）、Plants（植物）、Rodents（啮齿动物）、Vertebrates（脊椎动物）、Viruses（病毒）、None（无，即不选择SwissProt数据库进行比对）、Total（所有数据库子集），默认选项为Archaea（古生菌）。在基因注释时尽量选择序列来源物种所在的子数据集，如果不清楚序列来源的物种则选择Total，如果不需要进行该数据库的注释则选择None。在数据库选择时用户可根据注释需要选择性的勾选数据库。

3. 结果示例

主要关注Integrated_Function.annotation这个表格和KEEG分析出的流程图。

Integrated_Function.annotation 文件的第一列为Gene ID，后面几列是用户所选数据库的注释结果，如下图所示：

KEGG分析结果：

http://s1/mw690/006v1xUAzy76tTEQyQM90&690

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