一、IgBLAST 使用

1）在线使用：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast/
2）本地使用FTP下载：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/igblast/release/
       需要下载：
                 最新软件版本 ./1.6.0/ncbi-igblast-1.6.0-x64-linux.tar.gz
                 比对数据库 ./database、./internal_data、./optional_file
                 编辑IMGT数据库fasta文件header的脚本 ./edit_imgt_file.pl
3）基本命令：

$./bin/igblastn -query infile.fasta -out outfile.igblast.fmt7.out -outfmt 7 -germline_db_V ./database/mouse_gl_V -germline_db_J ./database/mouse_gl_J -germline_db_D ./database/mouse_gl_D -auxiliary_data ./optional_file/mouse_gl.aux -organism mouse -domain_system imgt -ig_seqtype Ig -show_translation -num_threads 10
注意：./internal_data/ 文件夹需要放在当前命令运行的文件夹，否则会报错

4）构建特定数据库，如IMGT数据库：
       a. 从IMGT reference directory下载数据库fasta文件
       b. 编辑fasta文件并建index
            # V-segment database
               $perl edit_imgt_file.pl IMGT_Mouse_IGHV.fasta > ./database/mouse_igh_v
               $makeblastdb -parse_seqids -dbtype nucl -in ./database/mouse_igh_v
            # J-segment database
               $perl edit_imgt_file.pl IMGT_Mouse_IGHJ.fasta > ./database/mouse_igh_j
               $makeblastdb -parse_seqids -dbtype nucl -in ./database/mouse_igh_j
           # D-segment database
               $perl edit_imgt_file.pl IMGT_Mouse_IGHD.fasta > ./database/mouse_igh_d
               $makeblastdb -parse_seqids -dbtype nucl -in ./database/mouse_igh_d

二、parsing igblast output

          对于 igblast 输出的结果可以使用python包changeO（http://changeo.readthedocs.io/en/latest/overview.html）进行处理，网站提供了详细的包的安装和使用方法。