有些情况下需要对于特定物种进行NCBI NR或NT数据库比对，最典型的情况就是宏基因组或宏转录组分析中，进行物种注释时，只需要对NR库中细菌序列进行注释，没必要注释全库，造成资源和时间的浪费。下面以细菌为例简单介绍按照特定分类学构建NR/NT数据库的方法。

方法一：

1. 下载pre-formatted NR数据库，两种途径：

    1）ftp下载：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

    2）使用perl脚本update_blastdb.pl下载，并更新数据库

 2. 下载 taxonomy database并解压：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/

    1）gi_taxid_prot.dmp.gz 或 gi_taxid_nucl.dmp.gz

    2）taxdmp.tar.gz

3. 从names.dump（来自于taxdump.tar.gz）查看“细菌”taxid为2，提取“细菌”下所有子节点的taxids .

4. 根据上一步提取的taxid列表从gi_taxid_prot.dmp中提取出所有GIs.

5. 根据上一步得到的 GIs 列表，使用 blastdb_aliastool构建细菌NR database，如下:

    blastdb_aliastool -gilist vertebrate_gis.txt -db nr -out nr_vertebrates -title nr_vertebrates

方法二：

1. 下载pre-formatted NR数据库，同上

2. 在Entrez Protein database（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/）搜索"txid2[ORGN]"

3. 搜索结果页面点击"Send to File"，并选择 "GI list"格式

4. 根据上一步得到的 GIs 列表，使用 blastdb_aliastool构建细菌NR database，如下:

blastdb_aliastool -gilist vertebrates.gi_list.txt -db nr -out nr_vertebrates -title nr_vertebrates

      这两种方法的区别在于GI list的获取，方法一中GI的获得来自于gi_taxid_prot.dmp文件，需要自己编辑脚本；方法二中GI的获得直接来自于NCBI。

方法三：

1. 下载pre-formatted NR数据库，同上

2. 在Entrez Protein database（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/）搜索"txid2[ORGN]"

3. 搜索结果页面点击"Send to File"，并选择 "GI list"格式

4. 使用blastdbcmd 提取fasta sequences，如下:
    blastdbcmd -db nt -dbtype 'nucl' -entry_batch $gilist -out vertebrates.fa

5. 对获得的fasta序列文件，使用makeblastdb建库

    makeblastdb -in vertebrates.fa -dbtype 'nucl' -title vertebrates

    这种方法与第二种方法的区别是可以获得fasta序列，但需要再建库。