灵活就业虽然是在新的形势下产生，对满足企业生产发展需求，降低人工成本，服务大众，以及促进就业和再就业等方面起了积极的作用。但是灵活就业也还存在着一些问题，主要有以下几个方面：
      1、缺乏专门和完善的就业服务系统和资金支持。目前专门的灵活就业服务系统尚不健全,劳动力供求双方得不到有关信息、培训和相应服务;很多准备创办小企业和从事个体经营的人员得不到创业培训和有关咨询服务;劳务派遣公司等劳务服务组织尚不发达。许多微型企业、个体工商户或其它类型的灵活就业者急需小额资金的支持,但他们融资困难。有关部门提供的小额信贷,担保条件限制多、手续繁杂,不容易办到。
      2、灵活就业者的权益得不到保障。由于灵活就业者的社会地位较低，缺乏能够维护其利益的组织，加之劳动力市场供大于求等原因，他们的权益得不到保障是一个普遍而严重的问题，主要表现在：用人单位与劳动者不签订劳动合同，工资报酬达不到法定的最低工资标准；拖欠、克扣工资情况严重；工时超过法定工作时间，而且领不到加班费；享受不到社会保险；劳动和安全卫生条件恶劣；随意被雇主解雇；一些就业者的人格尊严得不到维护。
       3、 缺乏针对和适应灵活就业的法律规范。目前我国的劳动法律法规明显不适应灵活就业情况的主要有：按月规定的最低工资标准不适应灵活就业的特点；关于工时的规定对灵活就业来说一是太死，二是标准太高，每周工作时间不超过40小时和连续两个休息日的规定在小型企业里往往难以执行；用人单位雇用人员时“必须签订书面合同”的规定，在很大程度上不适应用人高度灵活的小型企业的实际情况。
      4、劳动关系的概念发生变化。灵活就业形式的多样劳动关系与传统固定就业形式的单一劳动关系不同，在劳动关系方面出现了新的情况和变化。作家、律师等自由职业者存在着“无劳动关系”的情况，劳务派遣、人才租赁等又存在着劳动关系与劳务关系交织在一起的情况，家庭服务小时工由于从事多项工作存在多个“用工单位”的问题，临时性、季节性用工等流动性大劳动关系极不稳定，等等。就业形式的变化导致劳动关系呈现多样化、复杂化等特点，引发了劳动关系概念的更新，同时也带来了许多新的问题。灵活就业的发展导致劳动关系的复杂化和多元化，从而提出了许多需要研究的新问题。