ZINC15数据库检索小分子

作者：shims

ZINC数据库是一个小分子结构数据库，在该数据库中存放有大量现在市场销售的小分子化合物。这就为药物研发提供了非常方便的药物性质测试，而不用去自行设计合成路线获得小分子化合物之后再进行相关药物活性的测试。特别是针对如今计算技术的发展越来越多的计算机辅助药物设计方案的出现加快的了药物筛选的进程。在通过ZINC数据库大量分子的筛选之后可以直接将筛选出的可能有活性的化合物通过ZINC提供的连接找到供应商购买小分子化合物，从而方便快捷的测定药物体外活性。

ZINC数据库从最初的ZINC12版本到现在的ZINC15版本经历了从简单的收集小分子化合物信息构成数据库到目前可以直接检索相关的问题或者组合检索到目标小分子化合物子库。用户可以根据自己的需要自由的构建适用于自己需要的子库。不过在这些高级功能出现的同时最基本的功能，如特定小分子化合物的检索也是得到了很大的改进。

ZINC15数据库换成了全新的域名（http://zinc15.docking.org/）通过以前的域名访问的是ZINC12版本的数据库请大家多加注意。新版本的界面如下：最上面的是主要功能的菜单栏，如这里的底物分子（substances），目录（Catalogs），销售（Tranches），生物活性（Biological）这些事一些典型的分类方法，也可以通过更多的方式分类，都放置在更多（More）菜单栏下了。

要检索一个简单的底物分子或者小分子化合物的话选择底物分子（Substances）即可进入底物分子检索页面。该页面的地址为http://zinc15.docking.org/substances/home/，也可以直接通过改地址进入底物分子的检索界面。在该界面可以直接输入任何已知信息在Substances下第一行的检索框内，然后回车开始检索相关信息。个人使用的体验来看，针对一些明确性的方式如ZINC编号能快速检索到精确的结果，否则很难。

除了以上直接检索的方式之外也可以将已知的底物的ZINC编码，SMILES编码，SMARTS编码或者InChi编码等信息输入的结构绘制框上方的检索框中精确的检索到需要的化合物。绘制结构来检索也是一种精确检索的方法，不过就使用体验来说不是非常理想。

在底物检索页面的右下部分有着更过的检索方式，也支持同时检索多个底物化合物，只需要每行输入一个化合物的相关编码信息即可。如果已知化合物的结构式文件则可以直接加在化合物的结构式文件来检索该化合物。

通过以上的小分子化合物检索可以看到要想精确的检索到某一个或几个底物化合物就必须拥有该化合物的相关信息，特别是分子结构的各种编码格式更是支持最好的一种检索方式，如果仅仅是通过化合物名称来检索某种化合物是非常困难的。特别是文献中出现的有些化合物很难通过通过名称检索到，特别是一些没有形成通用名称的化合物名称。在这种情况下可以通过对化合物名称更加敏感的维基百科，谷歌等其它检索方式检索到其他名称或相关的编码信息方可使用ZINC15来检索。