Pymol软件计算氨基酸的phi-psi角

作者：shims

在某些时候需要了解蛋白质中某个氨基酸残基的结构位置，特别是在考虑蛋白质折叠的时候，需要计算一个蛋白质与其前后两个氨基酸的二面角位置。其中n号氨基酸的phi是指n-1氨基酸的C原子，n氨基酸的N,CA和C这四个原子之间的二面角。n号氨基酸的psi是指n氨基酸的N,CA和C与n 1氨基酸的N原子，这四个原子之间的二面角。

在Pymol软件在可以通过命令简单快速的计算某一个氨基酸的phi和psi角：

phi_psi ////20

 LEU-20:   ( -118.4,  165.7 )

如上面的命令就是计算在加载的分子结构中的第20号氨基酸的phi和psi，关于残基选择的时候需要注意，这里加载的结构只有一个分子，而且只有一条链，所以使用了四个/来替代对应的选择项。如果加载有多分分子，多条链则会依次计算各个分子中的各条链中对应的第20号氨基酸的phi和psi。