AutoDock使用的配体参数文件PDBQT解释

作者：shims

分子对接程序AutoDock在使用的过程中会用到其独特的一种参数文件，该文件的后缀一般为pdbqt，下面介绍该文件的具体情况。这里以我在进行分子对接使用的一个配体参数文件为例，文件名为ligand.pdbqt。

REMARK  6 active torsions:

REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)

REMARK    1  A    between atoms: C18_18  and  O8_19

REMARK    2  A    between atoms: O8_19  and  P2_20

REMARK    3  A    between atoms: P2_20  and  O5_22

REMARK    4  A    between atoms: C1_28  and  O7_29

REMARK    5  A    between atoms: O7_29  and  P1_30

REMARK    6  A    between atoms: P1_30  and  O1_31

ROOT

ROOT被定义为配体的中心部分，从他上面长出了可旋转的分枝（BRANCHES），在分枝上海可能长出新的分枝。

ATOM      1  C8  TWE     1     -33.396  -5.933  23.549  1.00  0.00    -0.043 A

1-4 5-6 7-11 12 13-16 17 18-20 21 22 23-26 27 28-30 31-38 39-46 47-54 55-60 61-66 67-70 71-76 77 78-79\n

4  2  5   1  4    1  3   1  1   4  1  3    8     8     8   6    6    4     6   1  2

1-4：原子标记（ATOM）

5-6：空格

7-11：原子序号

12：空格

13-16：原子名称

17:可变构象位点指示符

18-20：残基名称

21：空格

22：链编号

23-26：残基序号

27：

28-30：插入残基的编号

31-38：X坐标

39-46：Y坐标

47-54：Z坐标

55-60：位置因子

61-66：温度因子

67-70：脚注编号

71-76：局部电荷

77：空格

78-79：原子类型

ATOM      2  C9  TWE     1     -33.223  -4.616  23.719  1.00  0.00     0.008 A

ATOM      3  C10 TWE     1     -32.373  -3.928  22.843  1.00  0.00     0.001 A

ATOM      4  C11 TWE     1     -31.733  -4.616  21.784  1.00  0.00     0.001 A

ATOM      5  C12 TWE     1     -31.953  -5.975  21.651  1.00  0.00     0.008 A

ATOM      6  C13 TWE     1     -32.761  -6.598  22.527  1.00  0.00    -0.043 A

ATOM      7  C41 TWE     1     -33.198  -7.935  22.613  1.00  0.00     0.054 C

ATOM      8  C14 TWE     1     -34.599  -7.938  22.316  1.00  0.00    -0.042 A

ATOM      9  C15 TWE     1     -35.333  -8.373  21.293  1.00  0.00     0.017 A

ATOM     10  C7  TWE     1     -33.200  -8.079  24.098  1.00  0.00     0.028 C

ATOM     11  C42 TWE     1     -34.166  -6.915  24.226  1.00  0.00     0.054 C

ATOM     12  C6  TWE     1     -35.221  -7.289  23.359  1.00  0.00    -0.042 A

ATOM     13  C5  TWE     1     -36.552  -7.100  23.371  1.00  0.00     0.017 A

ATOM     14  C4  TWE     1     -37.277  -7.547  22.330  1.00  0.00    -0.042 A

ATOM     15  C16 TWE     1     -36.657  -8.181  21.298  1.00  0.00    -0.042 A

ATOM     16  C37 TWE     1     -37.676  -8.524  20.399  1.00  0.00     0.056 C

ATOM     17  C17 TWE     1     -38.298  -7.342  19.844  1.00  0.00    -0.005 A

ATOM     18  C18 TWE     1     -38.395  -6.765  18.608  1.00  0.00     0.097 A

ATOM     19  C3  TWE     1     -38.759  -8.934  21.374  1.00  0.00     0.028 C

ATOM     20  C36 TWE     1     -38.665  -7.551  22.012  1.00  0.00     0.056 C

ATOM     21  C2  TWE     1     -38.933  -6.737  20.887  1.00  0.00    -0.005 A

ATOM     22  C1  TWE     1     -39.632  -5.591  20.683  1.00  0.00     0.097 A

ATOM     23  C20 TWE     1     -39.723  -5.036  19.438  1.00  0.00    -0.005 A

ATOM     24  C19 TWE     1     -39.096  -5.632  18.408  1.00  0.00    -0.005 A

ATOM     25  C40 TWE     1     -39.377  -4.804  17.282  1.00  0.00     0.056 C

ATOM     26  C21 TWE     1     -40.790  -4.285  17.518  1.00  0.00     0.028 C

ATOM     27  C39 TWE     1     -40.274  -3.847  18.844  1.00  0.00     0.056 C

ATOM     28  C23 TWE     1     -39.146  -3.000  18.442  1.00  0.00    -0.042 A

ATOM     29  C24 TWE     1     -38.549  -1.845  18.825  1.00  0.00     0.017 A

ATOM     30  C22 TWE     1     -38.603  -3.656  17.403  1.00  0.00    -0.042 A

ATOM     31  C35 TWE     1     -37.527  -3.215  16.745  1.00  0.00     0.017 A

ATOM     32  C34 TWE     1     -36.941  -2.079  17.121  1.00  0.00    -0.042 A

ATOM     33  C25 TWE     1     -37.455  -1.380  18.159  1.00  0.00    -0.042 A

ATOM     34  C26 TWE     1     -36.568  -0.235  18.249  1.00  0.00     0.054 C

ATOM     35  C27 TWE     1     -36.339   0.028  16.805  1.00  0.00     0.028 C

ATOM     36  C38 TWE     1     -35.807  -1.345  16.650  1.00  0.00     0.054 C

ATOM     37  C33 TWE     1     -34.722  -1.307  17.597  1.00  0.00    -0.043 A

ATOM     38  C28 TWE     1     -35.199  -0.585  18.632  1.00  0.00    -0.043 A

ATOM     39  C29 TWE     1     -34.412  -0.344  19.712  1.00  0.00     0.008 A

ATOM     40  C30 TWE     1     -33.124  -0.832  19.833  1.00  0.00     0.001 A

ATOM     41  C31 TWE     1     -32.627  -1.583  18.756  1.00  0.00     0.001 A

ATOM     42  C32 TWE     1     -33.455  -1.794  17.643  1.00  0.00     0.008 A

ENDROOT

ROOT到ENDROOT部分是配体分子的中心部分。

BRANCH  18  43

ATOM     43  O8  TWE     1     -37.770  -7.293  17.495  1.00  0.00    -0.246 OA

BRANCH  43  44

ATOM     44  P2  TWE     1     -38.401  -8.755  16.719  1.00  0.00     0.411 P

ATOM     45  O6  TWE     1     -39.323  -9.607  17.509  1.00  0.00    -0.624 OA

ATOM     46  O4  TWE     1     -37.099  -9.595  16.310  1.00  0.00    -0.624 OA

BRANCH  44  47

ATOM     47  O5  TWE     1     -39.013  -8.373  15.248  1.00  0.00    -0.300 OA

ATOM     48  H12 TWE     1     -38.309  -8.478  14.622  1.00  0.00     0.223 HD

ENDBRANCH  44  47

ENDBRANCH  43  44

ENDBRANCH  18  43

BRANCH  22  49

ATOM     49  O7  TWE     1     -40.309  -5.043  21.762  1.00  0.00    -0.246 OA

BRANCH  49  50

ATOM     50  P1  TWE     1     -39.638  -3.791  22.661  1.00  0.00     0.411 P

ATOM     51  O3  TWE     1     -38.850  -4.458  23.963  1.00  0.00    -0.624 OA

ATOM     52  O2  TWE     1     -40.532  -2.650  22.954  1.00  0.00    -0.624 OA

BRANCH  50  53

ATOM     53  O1  TWE     1     -38.372  -3.183  21.886  1.00  0.00    -0.300 OA

ATOM     54  H1  TWE     1     -37.635  -3.775  21.950  1.00  0.00     0.223 HD

ENDBRANCH  50  53

ENDBRANCH  49  50

ENDBRANCH  22  49

BRANCH到ENDBRANCH部分是在配体中心部分长出的分枝部分。分枝部分可以有多个，特别是针对有环状结构的分子。同时分枝下依然可以继续长出分枝，并且分枝是可以嵌套的。这些嵌套的可旋转键将按照从叶子到跟的顺序依次进行旋转。为了得到正确的各原子处于的分枝结构，有时候甚至需要对ATOM和HETATM记录中的原子进行重新排序。

TORSDOF 6

在构象熵的计算过程中需要使用到总旋转自由度，它是通过使用TORSDOF关键词来定义的，该关键词一般处于pdbqt文件的最后一行，在关键词之后就是可旋转键的数目，该数字一般为整数。该部分默认情况下包括了氢氧根以及其它基团中只有氢原子能移动的旋转件，但是并不包括那些在环上的键。不过针对环的柔性有专门的计算方法。

在pdb文件中常用到的connect信息是不被AutoDock程序识别和使用，所以pdbqt文件里面也就没有连接信息。