ZDOCK分子对接之后的输出文件解读

作者：shims

ZDOCK分子对接之后会将所有的信息打印到用户指定的文件中，如通过命令行：zdock -R receptor_m.pdb -L ligand_m.pdb -o zdock.out就会将所有的打印输出信息到文件zdock.out。输出文件通过zdock命令的-o参数设定。

128     1.2     0

-3.141593       1.450119        -2.739050

0.000000        0.000000        0.000000

receptor_m.pdb  -38.481 1.151   -26.315

ligand_m.pdb    -27.379 38.575  4.226

第一行是ZDOCK在进行分子对接过程中使用的最大NxNxN格点数目（128）。空间格点之间的空间间距（1.2Å），一般情况下都是1.2Å的值。接下来就是在zdock对接过程中将保持刚性的分子，0表示受体分子刚性，1表示配体分子刚性。

第二行是受体分子的初始Euler角度旋转参数。

第三行是配体分子的初始Euler角度旋转参数。该参数可以通过zdock命令的-S参数来设定。

第四行是受体分子文件名称，可以根据zdock命令的-R参数来设定。接着的是受体分子相对于中心来的位置参数。

第五行是配体分子的文件名称，可以根据zdock命令的-L参数来设定。接着是配体分子相对于中心的位置参数。

在前面的五行头文件信息之后的每一行都是配体分子相对于初始位置的旋转和平移位置。

0.261799        1.506530        1.988858        120     16      6       1101.029

每行的前三个数字是配体分子相对于初始位置的Euler角度的旋转。

接下来的三个数字是配体分子相对于初始位置的平移情况，使用空间格点空间来描述。

最后一列数字是当前结构的ZDOCK打分。这个打分一般情况下是从最高分到最低分排序的。

在ZDOCK的结果文件中没有具体的复合物的结构，当使用creat.pl脚本提取复合物结构的时候，会从上一次提取结构，如第六行对应第一个复合物结构，第七行对于第二个复合物结构等。每个复合物的结构都根据Euler角度旋转和格点空间的平移来构建复合物结构。