ZDOCK蛋白质对接软件使用

作者：shims

ZDOCK和M-ZDOCK都是基于快速傅立叶变换的蛋白质相互作用对接程序，该程序由马萨诸塞大学医学院的Zhiping Weng的实验室（ZLAB）提供并维护。ZDOCK程序主要用来搜索两种蛋白质之间通过平移和旋转而得到的空间中所有可能的相互结合模式，并使用基于能量的评分函数评估每个结合模型。目前主要有两个版本的ZDOCK程序，分别为ZDOCK 3.0.2版本，使用IFACE统计势能，结构互补和静电等构成的打分函数；ZDOCK 2.3.2版本，使用ACE统计势能，结构互补和静电构成的打分函数。通过使用176个测试用例未结合蛋白质对接为基准表明ZDOCK 3.0.2的打分函数与ZDOCK 2.3.2相比，具有优异的预测性能。其提供较慢的运行时间，但预测性能没有变化。

ZDOCK程序对于学术用户是免费使用的，同时其也集成到了很多的商业化软件中。作为学术用户可以通过其官方网站填写邮箱地址获取学术版的下载地址。

在ZDOCK的下载页面不仅提供有ZDOCK软件各个版本和平台的下载。ZDOCK 3.0.2版本，使用IFACE统计势能，结构互补和静电等构成的打分函数；ZDOCK 2.3.2版本，使用ACE统计势能，结构互补和静电构成的打分函数。

ZDOCK下载的文件名为zdock3.0.2_linux_x64.tar.gz，通过文件名可以方便区分版本和支持的平台。通过以上过程就能成功获取ZDOCK的学术版了，将文件zdock3.0.2_linux_x64.tar.gz通过SSH上传到需要安装的指定的目录下。

tar -zxvf zdock3.0.2_linux_x64.tar.gz通过该命令解压3.0.2版本的安装包，通过输出可以看到该安装包只包含了有限的七个文件。可以将文件mark_sur、zdock、create_lig添加到环境变量中方便使用。

#ZDOCK 3.0.2

export PATH=/home/shims/install/zdock3.0.2_linux_x64:$PATH

将上面的两行加入到~/.bashrc文件中，并使用source ~/.bashrc更新。通过命令which mark_sur验证环境变量是否成功添加。

通过以上方式就成功的安装了3.0.2版本的ZDOCK程序，其实该软件本身并不需要安装，只需要解压即可使用。

ZDOCK软件的使用也非常方便：

mark_sur receptor.pdb receptor_m.pdb

使用命令mark_sur处理受体的pdb文件，并生成ZDOCK使用的pdb文件。

mark_sur ligand.pdb ligand_m.pdb

使用命令mark_sur处理配体的pdb文件，并生成ZDOCK使用的pdb文件。

zdock -R receptor_m.pdb -L ligand_m.pdb -o zdock.out

使用ZDOCK程序的可执行文件zdock执行分子对接过程，-R指定受体处理后的pdb文件，-L指定配体处理后的pdb文件，-o指定zdock程序的输出文件名。

create.pl zdock.out

使用create.pl从zdock程序的输出文件中提起受体和配体复合物的结构。

在使用mark_sur过程在注意uniCHARMM和mark_sur要在同一个目录下。在使用zdock的时候receptor_m.pdb和ligand_m.pdb要在同一个目录下。总体来说就是解压出来的文件和受体、配体分子的pdb文件都要在同一个目录下，同时处理过程的文件也会产生在同一个文件夹下面。