Z-Dock在线服务对接作业输出

作者：shims

ZDOCK程序主要用来搜索两种蛋白质之间通过平移和旋转而得到的空间中所有可能的相互结合模式，并使用基于能量的评分函数评估每个结合模型。为了方便用户使用该软件提供有在线服务，可以在线提交蛋白质分子对接任务。ZDOCK软件也集成在很多的生物计算软件中，如DS。

这里主要介绍如果使用免费使用的在线服务提交蛋白质分子对接任务。在线服务的网址为http://zdock.umassmed.edu/。在任务完成之后会有邮件提示，根据邮件中提供的网址查看任务的结果。

根据电子邮件中的连接地址打开的结果页面如图所示。

第一部分：可下载的文件

ZDOCK对接输出结果文件；

用于蛋白质分子对接输入PDB文件进行了预处理之后的PDB文件，包括配体分子和受体分子两个PDB文件；

ZDOCK对接预测出来的前10个打分比较高的模型的PDB文件。

第二部分：个人预测

在“获取预测编号”下，用户可以指定单个预测结果来显示和下载。

第三部分：可视化

启用JMol的可视化窗口显示前5个对接最好的预测结果。对于ZDOCK输出，还可以查看配体中心的前500。对于ZDOCK，用户在提交页面上指定的第一个PDB文件被视为“受体”，并在输出可视化中被修正。可视化需要Java开发环境，如这里没有相应的开发环境无法正常的可视化图像。如果有需要在线可视化需要安装相应的开发环境，不过可以将分子对接的结果下载下来通过自己喜好的蛋白质分子结构查看软件检查结果。