Z-Dock蛋白质分子对接软件介绍

作者：shims

ZDOCK和M-ZDOCK都是基于快速傅立叶变换的蛋白质相互作用对接程序，该程序由马萨诸塞大学医学院的Zhiping Weng的实验室（ZLAB）提供并维护。ZDOCK程序主要用来搜索两种蛋白质之间通过平移和旋转而得到的空间中所有可能的相互结合模式，并使用基于能量的评分函数评估每个结合模型。M-ZDOCK是基于蛋白质的结构使用ZDOCK预测有周期性对称多聚体结合的一种方法。

目前主要有两个版本的ZDOCK程序可以在Zhiping Weng的实验室提供的在线服务器上使用，分别为ZDOCK 3.0.2版本，使用IFACE统计势能，结构互补和静电等构成的打分函数；ZDOCK 2.3.2版本，使用ACE统计势能，结构互补和静电构成的打分函数。通过使用176个测试用例未结合蛋白质对接为基准表明ZDOCK 3.0.2的打分函数与ZDOCK 2.3.2相比，具有优异的预测性能。其提供较慢的运行时间，但预测性能没有变化。M-ZDOCK目前使用ZDOCK 2.3.2打分函数。

限定，过滤和输出

（ZDOCK和M-ZDOCK），使用交互式JMol启用的界面为给定的输出预测（仅ZDOCK）选择限定位置。服务器的输出包括ZDOCK或M-ZDOCK输出文件，处理后的PDB（用于预测模型）和交互式工具来查看和生成各种预测或预测集。