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通过NCBI网站查询蛋白ExoS的一级氨基酸序列

(2017-07-30 20:30:00)
标签:

ncbi

同源建模

一级结构

氨基酸序列

exos

分类: 同源建模

通过NCBI网站查询蛋白ExoS的一级氨基酸序列

作者:shims

 

在对一个未知晶体结构的蛋白质分子进行同源建模之前需要对该蛋白的一级序列有一定了解,这里通过NCBI网站检索示例蛋白exoenzyme S的一级氨基酸序列。

打开NCBI的网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/),在检索选项里面选择蛋白(protein),检索框内输入检索蛋白的名称(exoenzyme S)。

通过检索可以发现相关的条目太多,这里需要关注的是绿浓简单抱杆菌的蛋白序列,第一条就是我们需要的蛋白,如果你是想找的其它物种的序列可以通过左侧选择。为了避免不不要的同源建模,可以在左侧选择pdb结构查看检索到的主体相关的已知晶体结构的数据。

通过NCBI网站查询蛋白ExoS的一级氨基酸序列

这里已经确认没有现成的晶体结构数据,所以选择查询相应的蛋白的一级结构,方便后续使用。直接选中第一条下面的FASTA进入氨基酸序列页面。

通过NCBI网站查询蛋白ExoS的一级氨基酸序列

在该页面有ExoS蛋白的氨基酸序列,这就是我们要查找的氨基酸序列:

MHIQSLQQSPSFAVELHQAASGRLGQIEARQVATPSEAQQLAQRQDAPKGEGLLARLGAALVRPFVAIMD

WLGKLLGSHARTGPQPSQDAQPAVMSSAVVFKQMVLQQALPMTLKGLDKASELATLTPEGLAREHSRLAS

GDGALRSLSTALAGIRAGSQVEESRIQAGRLLERSIGGIALQQWGTTGGAASQLVLDASPELRREITDQL

HQVMSEVALLRQAVESEVSRVSADKALADGLVKRFGADAEKYLGRQPGGIHSDAEVMALGLYTGIHYADL

NRALRQGQELDAGQKLIDQGMSAAFEKSGQAEQVVKTFRGTRGGDAFNAVEEGKVGHDDGYLSTSLNPGV

ARSFGQGTISTVFGRSGIDVSGISNYKNEKEILYNKETDMRVLLSASDEQGVTRRVLEEAALGEQSGHSQ

GLLDALDLASKPERSGEVQEQDVRLRMRGLDLA

在查找到序列之后可以将其保存为一个单独的文件,以方便后续的继续使用。

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