通过OpenBabelGUI2.4.1对分子加氢处理

作者：shims

在处理化学分子结构的时候经常会遇到分子结构信息中确实氢原子信息，这个时候就需要通过其它方式来添加氢原子。目前添加氢原子的方法有多种，如针对小分子化合物加氢可以使用Gaussian View来加氢，会自动识别需要加氢的位置并添加合适的氢原子。这里主要介绍通过Open Babel GUI 2.4.1 软件如何添加氢原子。

首先选中输入文件格式和输入文件及其路径。这里选择的文件为1.pdb，在该文件中只有重原子的位置信息没有氢原子的信息。

接着选择输出文件的格式和输出文件及其路径。这里输出文件和输入文件选择相同的文件格式pdb。输出文件的名称为了和输入文件区分命名为1Hydorgen.pdb。输入和输出文件保存在相同的文件夹下。

第三步选择转换参数，这里需要的是添加氢原子，所以在参数中需要选择添加氢原子。如果需要可以设置将添加的氢原子的状态设定为一定的pH值，这样可以保证尽可能正确的质子化状态。

最后选择转换将输入的pdb文件转换成加氢原子之后的pdb文件。

通过以上方式就完成了对一个缺失了所有氢原子信息的分子结构添加了适当的氢原子。这里转换的是一个小分子化合物，如果是大分子化合物一样可以实现加氢操作。同时也可以同时对多个文件操作加氢。