编译

通过阅读压缩包中的README 文件，了解如何编译它。

tar zxvf nciplot-3.0.tar.gz cd nciplot-3.0

cd src

sed -i "s/FCFLAGS = -O2 -fopenmp/FCFLAGS = -O3 -fopenmp/" Makefile.inc make mrproper

make

说明：

Makefile.inc 文件用来指定编译器和编译参数是，默认是gfortran 编译器。上面的编译过程非常简单，我们仅仅把优化基本改为了-O3 ，其他不用改。

它还支持ifort 编译器。

配置运行环境

我们需要配置相关环境来保证软件运行。

export NCIPLOT_HOME=/home/nciplot-3.0

export PATH=$NCIPLOT_HOME/src:$PATH

export OMP_NUM_THREADS=4

说明：

NCIPLOT_HOME 是软件解压缩后的目录，该目录下需要包含名为dat 的文件夹，软件运行需要。

设置PATH 环境变量是为了方便直接调用nciplot 命令。

设置OMP_NUM_THREADS 是因为该软件支持多线程运行，该参数设置多线程数，这样可以加速。本实例中写为4，说明软件运行时会开启4个线程。

测试

我们进入test目录，运行算例看一下。

cd test-cases/adenin-thymine

nciplot AT.nci

如果运行顺利，可以获得如下运行结果：

# ----------------- NCIPLOT ------------------------

# --- PLOTTING NON COVALENT INTERACTION REGIONS ----

# --- E.R. Johnson ----

# --- J. Contreras-Garcia ----

# ---------- Duke University ------------

#  --------------------------------------------------

# --- Please cite ----

# --J. Am. Chem. Soc., 2010, 132 (18), pp 6498–6506- 

#  --------------------------------------------------

#  --------------------------------------------------

# --- Contributions for the wfn properties ----

# --- from H. L. Schmider are acknowledged ---

# -------------------------------------------------- #

# Start -- 2020.03.30, 21:24:48.139

+ Read density file : /home/nciplot-3.0/dat/h lda.wfc

Log grid (r = a*e^(b*x)) with a = 2.4788E-03, b = 2.0000E-03 Num. grid points = 4392, rmax (bohr) = 16.1513

Integrated charge = 0.99999998

El. conf. : 1S(1)

-----------------------------------------------------

INPUT INFORMATION:

-----------------------------------------------------

-----------------------------------------------------

Calculation details:

-----------------------------------------------------

RHO THRESHOLD (au): 0.10

RDG THRESHOLD (au): 1.00

-----------------------------------------------------

Operating grid and increments:

-----------------------------------------------------

-----------------------------------------------------

Writing output in the following units:

-----------------------------------------------------

Reduced Density Gradient,RDG = AT-grad.cube

Sign(lambda2)xDensity,LS = AT-dens.cube

ELF cube file = AT-elf.cube

XC energy density cube file = AT-xc.cube

LS x RDG = AT.vmd

VMD script = AT.dat

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