在之前的博客里给大家介绍过免疫沉淀技术，然而免疫沉淀（CO-IP）是研究蛋白和蛋白之间相互作用的，在我们研究的过程中，dna和蛋白质相互作用以及RNA和蛋白质相互作用的研究也是很重要的，在这里我们着重介绍一下一项研究蛋白和RNA结合情况的技术，RNA免疫沉淀法(RIP)。

RNA免疫沉淀法(RIP)

RIP技术（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA结合蛋白免疫沉淀），是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能帮助我们发现miRNA的调节靶点。RIP这种新兴的技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行分析。RIP技术下游结合microarray技术被称为RIP-Chip，帮助我们更高通量地了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。

     基本原理：

             1. 用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白。

      2. 防止非特异性的RNA的结合。

      3. 免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来。

      4.结合的RNA序列通过microarray（RIP-Chip），定量RT-PCR或高通量测序（RIP-Seq）方法来鉴定。

容易引起的问题及解决方案：

1：RIP试验需要注意什么?

(1)防止RNA与蛋白非特异性结合。(2)避免RNA蛋白质结合被破坏。

(3)避免外源RNAse污染。(4)抑制内源RNase的活性。

(5)选择适合做RIP的抗体。(6)避免RNA结合蛋白的降解。

2：提取RNA时，蛋白酶k消化不完全是什么原因?

当进行蛋白酶K消化时，确保水浴温度应设置在55℃左右，长期在65℃以上孵育会导致蛋白酶K失活。

3：提取RNA后，A260/A280比值偏离1.8~2.2区域是什么原因?

(1)需要缩短酚氯仿提取RNA的时间间隔。

(2)测试提纯后RNA中是否存在RNA酶，可能RNA发生了降解。

4：RIP可以分提核浆的RNA-蛋白质复合物吗?

理论上，可以采用能分别抽提核浆蛋白的蛋白抽提kit先分离样本，再进行RIP实验。但需要特别注意的是所用kit中的reagent不能有RNase和DNase，以及要能与下游的抗体beads孵育兼容。

95%的人类基因组并不编码基因，而是产生大量的非编码RNA,真正编码蛋白质的基因只占人类总基因组的约2%。这些非编码RNA在生命的生长发育的各个阶段都发挥着重要的调节作用，与艾滋病、白血病、糖尿病、畸形等多种病变密切相关，并且参与着干细胞和表观遗传学调控。而RNA-蛋白复合物驱动了几乎所有细胞过程的基因表达的转录后调控，包括剪接（splicing）、出核转运（nuclear export）、mRNA 稳定性以及蛋白转译过程，因此，对基因调控的了解就有赖于确定这些过程中RNA的结合的变化。因此，RNA研究也被越来越多的科学家重视起来，目前已经成为生命科学研究中一个炙手可热的领域，而RIP技术也逐渐成为RNA研究领域的一项常规方法，帮助我们了解越来越受关注的转录后调控网络。因此也会再之后的博客中涉及到更多相关的情况。欢迎来抗体在线上来寻找需要的抗体、试剂盒、蛋白、裂解液等产品。

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