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利用R画带分组的heatmap图

(2016-03-16 09:06:27)
#原始数据如下:保存为制表符分割的txt文件
数据分为2组:
*-1 为group1
*-2为group2
R代码
library(pheatmap)
data<-read.table("data.txt",header=T)
#主要就是annotation起作用
annotation = data.frame(Treat = factor(1:10%/%6,labels=c("group1","group2")))
rownames(annotation) = colnames(data)
Var1 = c("yellow", "blue")
names(Var1) = c("group1", "group2")
ann_colors = list(Treat=Var1)
pheatmap(data, annotation = annotation, annotation_colors = ann_colors, main = "Example",border_color=NA,cluster_row=F,cluster_col=F,fontsize=10,cellwidth = 20, fontsize_row=10,cellheight = 10,colorRampPalette(c("green", "black", "red")) (255))

heatmap如下


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