Newbler介绍

Newbler是罗氏454开发的针对454测序数据进行组装的软件，不同于Illumina测序的fastq格式，454下机数据是sff格式，无法查看，可以用sffinfo进行转换。

Newbler输入文件可以是来自Illumina的fastq文件，或是454的sff文件，newbler可以对454测序数据进行组装，也可以对Illumina进行组装，以及对454和Illumina数据进行混合组装。总体来说，newbler对微生物基因组组装效果不错。

1）Newbler安装

下载和安装参考安装说明，在此，不做介绍

2）Newbler用法

#创建项目目录

$newbler_dir/mapper/bin/newAssembly  project_dir   # project_dir为初始化目录

#修改参数文件

修改scaffoldLengthThreshold参数，该参数对应scaffold的长度阈值，将2000改为1000

sed 's/2000/1000/g'  project_dir/assembly/454AssemblyProject.xml -i

#添加测序Reads

如有来自Illumina的fastq文件，可以先将PE或MP测序数据进行Merge

Perl merge_fq.pl r1.fq r2.fq sample.merge.fq

#对r1和r2进行合并的脚本很容易。mege_fq.pl

#!/usr/bin/perl

$filenameA = $ARGV[0];

$filenameB = $ARGV[1];

$filenameOut = $ARGV[2];

open $FILEA, "< $filenameA";

open $FILEB, "< $filenameB";

open $OUTFILE, "> $filenameOut";

while(<$FILEA>) {

        print $OUTFILE $_;

        $_ = <$FILEA>;

        print $OUTFILE $_;

        $_ = <$FILEA>;

        print $OUTFILE $_;

        $_ = <$FILEA>;

        print $OUTFILE $_;

        $_ = <$FILEB>;

        print $OUTFILE $_;

        $_ = <$FILEB>;

        print $OUTFILE $_;

        $_ = <$FILEB>;

        print $OUTFILE $_;

        $_ = <$FILEB>;

        print $OUTFILE $_;

}

cd project_dir

$newbler_dir/bin/addRun-p sample.merge.fq sample.sff

-p 代表sample.mege.fq为双端测序数据，如有多个文库，依次添加即可

#newbler组装

$newbler/bin/runProject -cpu 24 -large -mi 96

-cpu：代表线程数，根据服务器的资源选定

-large：能够使拼接更加流畅

-mi：代表序列比对的阈值，可以设置为96或者90（默认）

#组装结果

拼接结果在project_dir/assembly目录下有一个454Scaffolds.fna即为newbler拼接的scaffolds序列。