不同点：

1、酶不同，体内主要是DNA聚合酶，体外是taq酶；

2、温度不同，体内是37度，体外有变性、退火、延伸三种温度；

3、解链方式不同，体内采用解旋酶同时消耗ATP，体外采用热变性；

4、体内的聚合酶有校对功能，体外的taq酶没有校对功能；

5、体内所用引物是RNA，体外一般是DNA引物。

PCR实际上是在体外模拟DNA体内复制的过程。和体内DNA复制一样，PCR在扩增DNA的时候也会经历DNA双链的解开（变性），寡聚核酸与单链DNA的结合（退火），以及DNA聚合酶开始合成DNA（延伸）的三个过程。但PCR和体内DNA复制不同，在体内DNA的复制整个过程是由一系列酶所控制的，所以像DNA解链等在体温下就可以完成。而PCR则需要一个高温来完成DNA的解链，所以PCR反应的DNA taq聚合酶是耐高温的酶。此外，无论体内或者PCR反应，DNA的合成都需要一小段寡聚核酸作为引物提供3‘羟基末端，以让DNA聚合酶识别并开始合成DNA。在体内这个3’羟基末端是由寡聚的RNA提供，而在PCR中则由寡聚的DNA提供，因为DNA分子比RNA分子稳定易于储藏和使用。在体内双链DNA聚合方向是5‘-3’的，其中一条链是5‘-3’，而另外一条链虽然也是5‘-3’，但它是由冈崎片段连接起来的，而总体的合成方向是3‘-5’。在PCR反应中，每一条链的合成方向都是5‘-3’，没有类似冈崎片段的东西。在体内，DNA聚合是从复制起始位点开始的，由聚合酶识别复制起始位点。而在PCR反应中，DNA的聚合是从引物结合处开始的，主要是由引物的特异性来控制复制的起始位置。基本上就是这样了。、