一般来说，人民法院应组织当事人对有争议的鉴定材料进行质证，质证后再提交给鉴定机构。从程序上规范鉴定材料的提交，是为了让各方当事人了解鉴定意见据以作出的资料，防止出现因鉴定材料不真实、不全面导致鉴定意见不客观、不科学的现象。

但在实践中往往也存在鉴定材料提交程序不规范的情形，如果鉴定人将当事人有争议且未经质证的材料作为鉴定依据并作出鉴定意见的，人民法院如何处理？对于这个问题，天纵鉴定（SKYLABS）注意到，最高法院也有一些相关的司法解释和说明。

由于鉴定活动系鉴定人运用专门的技术、知识、经验和技能，对案件某些专门性问题进行分析、鉴别和判断后作出结论性意见的过程，鉴定周期往往较长，为了避免重复鉴定增加当事人的诉讼成本，当出现鉴定人直接将当事人有争议且未经质证的材料作为鉴定依据的情形，人民法院首先应采取程序上的补教措施，组织当事人就该部分材料进行质证，听取当事人的质证意见。经质证程序后，如果人民法院认为该部分材料真实合法，能够作为鉴定资料的，则不影响对于鉴定意见的采纳;如果认为该部分材料真实性存疑，或者存在其他情形，不能作为鉴定依据的，则对根据该材料作出的相应的鉴定意见不予采纳，不能作为认定案件事实的根据。

对于当事人有争议且未经质证的材料进行补充质证后，如认为不能作为鉴定依据的，根据该材料作出的鉴定意见不得作为认定案件事实的依据。但并非鉴定意见整体不可采纳。如果鉴定意见可分，则材料所对应部分不能作为认定案件事实的根据；如果鉴定意见不可分，则整个鉴定意见均不能作为认定案件事实的根据。