藏经洞的文物，绝大部分经由道士王圆箓之手流失而出。当时，王圆箓的注意力正放在募化善款、营修庙宇上，希望借助发现藏经洞得来的声望，建功立业、光耀门庭。在他眼中，这些佛教洞窟中的文书经卷或许只是必要时可以私下作为“法物流通”，与“布施者”交换得利的稀罕物。由于他不能确切知晓这些陈旧的经卷究竟蕴含多少文化价值和精神能量，也就直接导致了难以弥补的文化损失。

1907年，英国人斯坦因巧名布施，以白银一百八十两哄骗王圆箓，获取经卷、印本、古籍二十四箱，佛画、织绣品等五箱。斯坦因劫掠的大量敦煌文物曾暂存在安西县政府达数月之久，竟无人过问。

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斯坦因车队在安西县（今瓜州）的“道德楼”前

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1908年，法国人伯希和以白银五百两，获取写本、印本、文书、绢画等六千卷，并首次系统拍摄莫高窟照片数百张。由于伯希和通晓汉文，他获取了藏经洞中学术价值最高的经卷写本和绢本、纸本绘画，目前保存在法国国家图书馆和吉美博物馆。

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    伯希和在被他称为“至圣所”的藏经洞中翻捡经卷-努埃特摄影-1908年

1914年，斯坦因第二次来到莫高窟，用银五百两，再次从王圆箓手中获取经卷约六百件。斯坦因两次获取藏经洞文物共计万余件。

1912年，日本大谷探险队吉川小一郎用白银三百五十两，获取写经四百余卷，带走莫高窟塑像两尊。

1914年，俄国奥登堡考察团在莫高窟停驻五个多月，测绘大部分洞窟的平剖面图，临摹绘画数百张，拍摄照片约三千张，还剥走了一些壁画，拿走多身彩塑，带走莫高窟南北区清理发掘出的各类文物一万余件，加上在敦煌当地收购大批文物和各类绘画、经卷文书二百余件，装满了几大车

1924年，美国人华尔纳至莫高窟，在藏经洞文书已被瓜分殆尽的情况下，用化学胶水剥取壁画二十余幅，以白银七十两，获取盛唐彩塑一尊。1925年，华尔纳又一次组织考察队至敦煌，因敦煌民众的反对和官方阻止，大规模盗剥壁画的阴谋才告破灭。

需要注意的是，1910年，当中国学者通过法国人伯希和得知了藏经洞流失的情况后，在罗振玉等人的奔走呼吁下，清政府派专员回收剩余的敦煌文书回京。然而，又因为押运官员的贪欲和疏忽，大量经卷又在运送途中散失、破坏。