早在六朝时期，南京就有了鸭馔的制作，而且盐水鸭当时已是南京颇具盛名的食品。金陵盐水鸭被誉为“六朝风味，白门佳品”。最早记有南京鸭肴的有六朝时期的《陈书》、《南史》、《齐春秋》。据《陈书》记载，陈军与北齐军在金陵北郊外覆舟山一带交锋，陈军“人人裹饭，媲以鸭肉”、“炊米煮鸭”，使得士气大振，终于以少击众，大胜而归。此为金陵鸭馔最早见于正史之记载。另据《齐春秋》记载：陈、齐两军在南京幕府山地区对战时，陈“会文帝遣送米三千石，鸭千头。帝即炊米煮鸭……人人裹饭，媲以鸭肉，帝命众军蓐食，攻之，齐军大溃。”[3] 

宋代，南京城盛行用鸭配菜，并有“无鸭不成席”之说。明代初年，南京流传一首民谣“古书院，琉璃塔，玄色缎子，咸板鸭”。同时，金陵烤鸭也已闻名遐迩，成为明代宫中宴席上不可缺少的名菜。后来，烤鸭的烹饪技艺随着明都的迁移而传至北京，形成如今的北京烤鸭。

明代，吏部左侍郎顾元起所著《客座赘语》中写道：“购觅取肥者，用微暖老汁浸润之，火炙色极嫩，秋冬尤妙，俗称为板鸭，其汁陈数十年者，且有子孙收贮，以为恒业，每一锅有值百余金，洵江宁特品也。”[4] 

清代美食家袁牧，在其所著《随园食单》中有板鸭、挂炉烤鸭的制作方法介绍及326种名菜名点。清代南京方志学家陈作霖《金陵琐志》载称：“鸭非金陵所产也，率于邵伯、高邮间取之。么凫稚鹜千百成群，渡江而南，阑池塘以畜之。约以十旬肥美可食。……而皆不及‘盐水鸭’之为无上品也，淡而旨，肥而不浓。”盐水鸭一年四季均可制作，尤以农历八月至九月底，稻谷飘香、桂花盛开时制作者为上品，习呼为桂花鸭，以其“肉内有桂花香也”。[5]