清康熙十九年清廷在此设金门总兵署。在此时郑成功虽已过世，但其子郑经仍然在一定程上对福建沿海反攻。而当郑经过世后，虽然台湾郑氏发生内乱之后已经没有反清复明的念头，但这时康熙已平三番之乱，目标已朝向收复台湾，这时金门自然有维持总兵署的必要。